图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 ...
图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面...
20万个微孔的尺寸被设计成一个微孔恰好可以容纳一个bead+一个细胞。 02.BD Rhapsody核心技术之Barcoded Bead 03.单细胞文库制备及测序 05 BD Rhapsody产品线overview Reference:Analysis of single-cell RNAseq identifies transitional states of T cells associated with hepatocellular carcinoma....
今天来给大家介绍一个集RNA-Seq的下游可视化和通路分析于一体的新生代R包,即RVA包。 RVA包… 酸菜发表于解螺旋 RNA-seq:转录组数据分析处理(上) 陈超群 历史上那些经典的RNA-Seq数据比对软件 我们知道,mRNA 因为可变剪切丢失了内含子,因此不能像 DNA 数据那样简单地比对到基因组上。 如上图所示,mRNA reads ...
测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于熟悉生物信息分析的大神而言,这些图片太easy。但是,在科研岗位上,还有很多生信小白。。。所以我们还是来讲一下如何解读这些结果图片。 9.RNA-Seq分析详细过程 9.1 RNA-Seq分析(1) 本文将要...
可能细心的小伙伴们发现了,我们的RNA-seq在线报告针对以上的问题,又进行了新的一轮升级! 将功能富集分析部分独立成单独的版块,对富集分析的功能增加了各种类型的统计图、实现了更丰富的交互式图表分析,为用户带来更完美的产品体验,生成的图表可以直接用于文章,助力客户的数据个性化分析与文章发表!下面就来看看本次的升...
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。在这里插入图片描述 ...
收到大佬的作业,第一次投稿。大佬的题目如下:通过一篇science文章,理解两种RNA-seq表达矩阵在数据分析的时候是否相同(大佬的意思是通过PCA和heatmap来看一下)。 稍微介绍 一下背景 Counts值 对给定的基因组参考区域,计算比对上的read数,又称为raw count(RC),也就我通常说的相对原始的数据,是没进行任何标准化操作...
1.离散性和非负性：RNA-Seq生成的读数是非负的整数计数，这与负二项分布的性质相符合。2.过度离散（Overdispersion）：在生物学样本中，基因表达水平通常具有变异性，这种变异性往往超过了泊松分布所假设的均值和方差相等的程度。负二项分布相比泊松分布，可以通过一个额外的参数来建模这种过度离散，即允许...
cuffdiff_result = read.table(file = "../Desktop/test_data/rnaseq_test_date/diff_out1/gene_exp.diff",header = T) ctrl_fpkm = cuffdiff_result$value_1 treat_fpkm = cuffdiff_result$value_2 log2_foldchange = log2(treat_fpkm / ctrl_fpkm) ...