RNA-seq至今已有近二十年的发展，为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常用于寻找差异基因（DEG），也是如今最广泛的分析DEG的工具方法。同时RNA-seq的广泛应用极大地丰富了我们对于生物学方面的理解，如mRNA的可变剪接、ceRNA的网络等，给我们以前所未有的角度去理解RNA的生物学功能。但是RNA-seq技术大多还是基于...
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于 microarray 用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(...
RNA-seq还是站在整个组织或者细胞群体的角度来解答生物学问题,但是进一步探究必然会涉及到特定的细胞类型和空间信息的保留,因此进一步诞生了单细胞转录组(scRNA-seq)和空间转录组。其中scRNA-seq已经在推动大规模的细胞图谱项目,并且也已经有了越来越广泛的应用范围。ScRNA-seq已经在迅速的成为标准工具,并且可能和bulk RN...
今天,我们一同回顾由剑桥大学James Hadfield教授等在Nature Reviews Genetics杂志上发表文章《RNA sequencing: the teenage years》,虽然文章发表于2019年末,但其全面总结了RNA-seq十余年的发展,囿于篇幅,挂一漏万,非常建议各位读者阅读原文。 RNA-seq至今已有近二十年的发展,为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常...
RNA-seq及其分析是近年来最火的研究方向之一。要详细了解RNA-seq的原理，首先需了解过往的各种测序技术。测序技术发展大致如下：1. 1977年Sanger测序 2. 1996年焦磷酸测序 3. 2003年cmPCR 4. 2003年ZMW 5. 2012年纳米孔测序 6. 现在：第二代测序（NGS）第一代测序技术（Sanger测序）优点在于测序读...
1.技术优化和创新:随着单细胞测序技术的不断发展,研究人员正在努力提高其通量、灵敏度和准确性。例如,北京大学汤富酬教授与文路副研究员开发的基于第三代测序平台的单细胞RNA-seq技术,通过提高数据处理的高通量和高灵敏度,为全长转录本的检测提供了新的工具。
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而,随着下一代测序技术的发展,RNA-seq技术也在不断发展。现在,RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面,其中包括单细胞基因表达、翻译(翻译组,translatome)和RNA结构(结构组,structurome)。RNA-seq的其它应用也在...
通过公开途径调查,小编发现仅寥寥几家厂商推出了基于RNA水平的NGS检测,绝大多数厂商的服务都基于DNA水平。因此,目前DNA-Seq是业内采用的主流技术。 不过,在与一些头部厂商交流时,小编留意到部分厂商开始计划或正在研发、优化RNA水平的伴随诊断NGS项目,并且项...
RNASeq技术的应用范围非常广泛,涵盖了基础生物学研究、疾病机理探索、药物研发等多个领域。通过RNASeq技术,我们可以更深入地了解基因的表达调控机制、疾病的分子基础以及生物体对不同环境条件的响应等。RNASeq技术也在不断发展和创新,为转录组学研究提供了更多的可能性和机遇。 三、RNASeq技术在转录组研究中的应用 随...
第三课 RNAseq发展历史 RNAseq主要获得基因的表达水平 分子杂交 RT-PCR(需要预先知道序列信息才能采用该方法) EST表达序列标签(只能得到部分转录本信息,而得不到全部的转录本信息) 基因表达的连续分析技术SAGE 芯片技术Microarray(只能检测已知的序列,且不容易定量) ...