转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。 A workflow for RNA-seqRuairi...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。 A workflow for RNA-seq Ruair...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
RNA-seq分析流程之数据质控多组学之家 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 646 0 13:53 App GEO课程-6.GEO多数据合并 845 0 17:46 App R语言-相关性热图及Mantel分析 569 0 19:20 App GEO课程-2.GEO数据处理(基础) 20.4万 114 00:57 App 当师弟抱怨他女朋友非让他戴套时…… 3.0万...
目前几乎所有已发布的mRNA-seq数据都是short-read测序所得,所以我们认为这是RNA-seq技术的常规操作,接下来讨论它的主要流程和限制。不过在转录异构体检测的研究(图一;表1)方面,不断进步的long-read cDNA测序和dRNA-seq技术将向short-read测序技术的主导地位发起挑战。 表1 short-read cDNA测序用于差异基因分析 sho...
我们直接分从其中的rawdata开始分析 因为此次是双端测序,所以每个样本有两个fastq文件。 RNA-seq上游测序的步骤可以概括为 : (所有软件均在python3环境下安装) 准备参考基因组文件下载及GTF文件下载 质控(fastqc, multiqc) 数据过滤 (trim_galore) 序列比对 (star) ...
目前,我们可以从Short Read Archive(SRA)数据库获取的RNA-seq数据中,有超过95%的数据是由Illumina公司的short read测序技术所产生的 其分析过程可以用下面的路线图表示 Conesa et al. Genome Biology (2016) 该路线图大致分为三个部分: 数据获取: 包括实验设计、测序设计以及数据下机后的raw reads数据的质控 ...
在进行Bulk RNA-seq分析之前,数据的质控是至关重要的一步。今天我们来聊聊如何使用FastQC和Trim Galore进行数据清洗和质控。 FastQC:数据评估的利器 🛠️ FastQC是一个非常流行的工具,用于评估高通量测序数据的质控。它可以接受FASTQ文件(或BAM文件)作为输入,并生成一个详细的HTML报告,帮助你快速了解数据的基本情况...
我们将使用单细胞 RNA-seq 数据集,该数据集是Kang 等人于2017年进行的一项较大研究的一部分。在本文中,作者提出了一种计算算法,该算法利用遗传变异 (eQTL) 来确定每个包含单个细胞 (singlet) 的液滴的遗传身份,并识别包含来自不同个体的两个细胞 (doublet) 的液滴。