今天来给大家介绍一个集RNA-Seq的下游可视化和通路分析于一体的新生代R包,即RVA包。 RVA包,RNAseq Visualization Automation,最初发表于GitHub上,于2020年12月被CRAN收录发表;它可以快速地对差异分析结果进行汇总和可视化,并能在一定程度上评估相关基因集或通路的富集情况。 1.R包安装与数据准备 1.1 R包的安装 由...
【导读】将RNA-seq转化为临床诊断,需要确保检测临床相关的细微差异表达的可靠性和跨实验室一致性,例如,不同疾病亚型或阶段之间的差异表达。作为Quartet项目的一部分,团队在45个实验室中进行了一项RNA-seq基准研究,系统地评估了真实世界的RNA-seq性能,并研究了26个实验过程和140个生物信息学管道中涉及的影响因素。 202...
RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
在通常抽提到的总RNA中,绝大部分都是核糖体RNA(rRNA)。以人类的细胞或组织为例,一般抽提到的总RNA当中,95%都是核糖体RNA。剩下的2%到3%是mRNA。还有2%到3%是Long non-coding RNA、或者tRNA、microRNA这些RNA。也就是说,mRNA只占了所有RNA中的一小部分。 如果把所有的RNA都拿来测序的话,测到的绝大部分的序...
可执行文件的位置 # 单端或双端测序,单端为SE, 双端为PE # phred33 或者-phred64 指定碱基质量编码,如果未指定,则自动识别。Illumina 使用-phred33 # -threads 指定使用的线程数 # 指定处理后的数据所放置的位置,单端测序如前所示,双端测序如下: ./00Rawdata/${i}_1.fastq.gz ./00Rawdata/${i}_2....
在RNA-seq项目设计过程中,老师经常会问两个问题: 1)低丰度的基因是否能够被检测到(有或无); 2)基因定量的结果是否准确(高或低); 毫无疑问,提高生物学重复或提高单个样本测序量,都可以改善这些问题。但在研究经费有限的情况下,“提高生物学重复数而降低单个样本的测序量”或“提高单个样本测序量而降低生物学重复...
是A与T平⾏且接近，G与C平⾏且接近，AT平⾏线所占⽐例略⾼于25%。通常测序⼀开始或者结束的时候，会 有⼀些含量的突然变化，属于正常的测序bias。Pat2⽤于展⽰RNA-seq测序数据是否来源于RNA 花了⼤价钱完成RNA测序，获得的数据如果不是来源于RNA，就等于钱⽩花了。所以，测 序数据与参考...
刷刷题APP(shuashuati.com)是专业的大学生刷题搜题拍题答疑工具,刷刷题提供对 RNA-seq 测序结果进行初步处理后可以进行后续的功能分析,其中描述不正确的是A.可以进行 GO 和 Pathway 富集B.可以进行差异基因表达分析和聚类分析C.可以进行共表达网络构建D.蛋白质质谱的鉴定。
上海交通大学附属胸科医院病理科韩昱晨主任以及向婵博士等进行了一项回顾性研究,采用基于杂交捕获的RNA测序(RNA-seq)技术对DNA测序(DNA-seq)检测下非典型RET融合阳性的NSCLC样本进行验证,探讨了DNA-seq和RNA-seq检测罕见或复杂RET融合的临床价值。研究成果于2022年3月29日正式发表于The Journal of Molecular Diagnostics...
莫慌莫慌,康测科技推出的绝对定量转录组测序(DigitalRNA-seq),它使用的数字标签(UMI)技术,就能区分“真假重复”,准确去除“假重复”。 1. 它的原理是这样的 2. 它能解决重复问题 有生物学意义的重复片段仅仅来自RNA片段化的过程,其后无论是文...