Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stra...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 2. multiqc质量报告 multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个报告文件中,...
用于将 RNA-seq 读数解复用到细胞特异性 bin 中的计算工具使用各种诊断指标来过滤掉人工数据或低质量数据。 例如,存在多种去除环境 RNA 污染的方法 [Lun 等人,2019,Muskovic 和 Powell,2021,Young 和 Behjati,2020]、双峰检测 [Bais 和 Kostka,2019,DePasquale 等人,2019, McGinnis 等人,2019,Wolock 等人,201...
一个成功的RNA-seq研究的关键前提是所生成的数据有潜力回答感兴趣的生物学问题。首先通过选择适合研究生物...
#以下是利用salmon软件直接进行RNA-seq结果比对和计数(salmon处理周期短但对内存需求巨大建议用服务器运行) #获得转录本文件 gffreadATL_v3.working_models.gff3-gATL_v3.fa -w ATL_v3.working_transcript.fa.tmp #gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 ...
映射只是RNA-Seq数据分析的第一步。我们仍然需要将这些reads组装成转录本,并估计它们的表达水平。在正确映射所有读取(包括连接读取)后,我们可以将转录本组装问题解释为有向图上的遍历问题。 我们可以使用图论中的寻路算法在不同边被分配不同权重的约束下找到一条或多条最优路径及其对应的转录序列。我们将通过常用工具...
RNA是遗传信息的中心和媒介，是细胞类型和细胞状态多样性的基础，共同塑造着不同物种和不同组织的功能【1-2】。尽管RNA-seq测序技术帮助积累了多种数据库表达信息，但是使用RNA来对细胞类型进行观察和操作仍然是科研界的一大瓶颈。为了建立一种可编程的细胞读取方式，2022年10月5日，美国杜克大学Z. Josh Huang研究组...
RNA-seq可以获得相当惊人的数据量,而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含着大量的宝贵信息,但这样的数据需要复杂的生物信息学分析,才能从中提取到有意义的结果。正因如此,数据分析可以说是RNA-seq的重中之重。 RNA-seq有非常广泛的应用,但没有哪个分析软件是万能的。科学家们一般会根据自己的研究对象和研究目标...