那么如何基于RNA-Seq得到的counts数据,对上万个基因进行差异表达分析呢?RNA-Seq分析得到的counts值,除了与基因表达有关外,还与测序深度/技术、实验处理、文库大小、基因长度等均有关。科学家们就此提出了很多模型和分析方法,比如泊松分布,负二项分布、非参数分布、二项分布等;...
也就是说,测rRNA,它得到的数据,并不能为实验者提供什么有用的信息,而mRNA才是RNA当中信息含量最丰富的那个部分。 我们一般的RNA-seq要测的,也是mRNA的各种变化,所以,在实验过程当中,我们一般要把核糖体RNA先去掉。然后再进行建库测序。 去除核糖体RNA,并进行建库的方法有许多种。目前应用最广泛的是illumina公司的...
RNA-seq数据分析 生信菜鸟屋 更容易理解的生物信息学2 人赞同了该文章 目前大家常做的测序主要就是RNA-seq的测序,在之前介绍了二代测序的文库结构(不知道的同学可以往前一章看一下)。那接下来的处理就是对该文库的处理。 首先因为测序的时候在文库的两端添加了接头序列;同时测序的时候并不是每一个碱基都会准确测...
三.上述几个标准都符合后,我们就可以开始对数据进行分析了,首先是看你的分析目的。 RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA...
本文介绍RNA-seq的具体分析流程。 1、cutadapt去接头 我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件,需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下: #cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30(负值u表示切除R1的前20个碱基)/#-U 20(正值U表示切除R2的...
RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的高通量测序技术,它可以帮助科研人员了解基因表达和转录本结构。在本文中,我们将介绍RNA-seq数据分析的一般流程,包括数据预处理、基因表达分析和功能注释等步骤。 1. 数据预处理。 首先,我们需要对原始的RNA-seq数据进行质量控制(QC)。这包括使用软件如FastQC来评估测序数据的...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
2. 原始数据处理 在本篇中,我们将介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的“预处理preprocessing”步骤。尽管这是常见的术语,但似乎有点用词不当,因为此过程涉及几个步骤,这些步骤在开始下游分析之前至关重要。 在这里,我们将主要将此处理阶段称为“原始数据处理raw data processing”,我们的重点将放在数据分析阶段,该...
数据分析 •✦Small RNA测序✦• Small RNA是生命活动重要的调控因子,几乎存在于所有的生物体中...