RNA-seq 测序深度与数据量 一、数据量计算分子生物学中基本概念与单位nt=nucleotide, 即核苷酸数,通常用于描述单链,如RNA, primer等bp=base pair, 即碱基对,用于描述双链的,如DNA, 双链RNA等人类基因组有3000Mnt… zi纵笑y...发表于生物信息学... RNA-seq:转录组数据分析处理(上) 陈超群 如何入门生信之...
# 激活用于rna-seq的小环境 conda activate rna # 使用fastqc（若未安装，使用conda安装即可） # ...
在RNA-seq项目中,常见的结果包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分...
重排的结果是让A基因的头,接到了B基因的身体上,这样就产生了融合基因。 上图为一个癌细胞中的融合基因的示意图。 上图是高通量测序测到融合基因的图。可以看到这10几个Reads都横跨在这个融合基因的交接点的两侧,由此证明了这个癌细胞当中有这么一个融合基因。 点突变: RNA-seq还可以找出点突变,下图是一张泡泡...
使用的数据,双端测序数据clean data 1 &clean data 2 1、bowtie建库 bowtie2-build genome.fa genome_index ...
我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相...
dds<-DESeqDataSetFromMatrix(countData=countdata,colData=coldata,design=~Condition)dds<-DESeq(dds)res<-results(dds)head(res)# 将res结果(差异倍数)与dds的counts(具体表达量)合并,并且按照行名进行合并,如果不加by="row.names",就不会按行名合并,那么就是如果6行文件和6行文件合并,最终结果为36行resdata...
也就是说,只需要 2 (实验条件) * 3(重复)个 RNAseq 的样本,我们就可以做出一张 Cancer Cell 的主图了,YY一下,有没有很激动呢~ 做转录组分析时,大家通常会先筛选差异表达基因,然后再对这些差异表达基因进行功能富集分析。可能不少小伙伴会发现这种情况,就是因为差异基因过少而富集目标/相关的功能/通路,或者...
RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...