现在，想象一下我们可以在没有任何技术变异的情况下进行RNA-seq。现在我们对一些老鼠的gene X进行测序，得到X的reads。下图中，由于没有技术重复，所以样本1和样本2的gene X reads差异来自于生物的变异。我们测序了地球上所有老鼠的gene X，并得到reads，并用希腊字母μ表示所有gene Xreads的平均值。然后...
只有生物的变异的例子 现在,想象一下我们可以在没有任何技术变异的情况下进行RNA-seq。现在我们对一些老鼠的gene X进行测序,得到X的reads。下图中,由于没有技术重复,所以样本1和样本2的gene X reads差异来自于生物的变异。 image-20210107122001211.png 我们测序了地球上所有老鼠的gene X,并得到reads,并用希腊字母μ...
后续RNA-seq结果表明prp-19 RNAi能显著影响可变剪接的稳定性，诱导线虫中差异剪接事件的发生。然而发生差异剪接事件的基因中并没有UPRmt相关调控基因，提示prp-19对UPRmt的调控并非依赖于基因的差异剪接事件，而可能是剪接体在转录调控过程中的作用。ATFS-1是线虫UPRmt调控过程中的核心转录因子，该蛋白同时拥有N端线粒体...
研究团队在对prp-19调控UPRmt的分子机制进行探索的过程中发现,prp-19 敲低能直接抑制细胞核定位的ATFS-1对其下游效应基因hsp-60(编码线粒体伴侣蛋白)的转录激活,此外ATFS-1 ChIP-seq以及RNA-seq数据分析结果显示,对于在线粒体应激条件下表达上调,且启动子区域能被ATFS-1结合的部分基因而言,prp-19敲低能显著抑制...
后续RNA-seq结果表明prp-19RNAi能显著影响可变剪接的稳定性,诱导线虫中差异剪接事件的发生。然而发生差异剪接事件的基因中并没有UPRmt相关调控基因,提示prp-19对UPRmt的调控并非依赖于基因的差异剪接事件,而可能是剪接体在转录调控过程中的作用。...
研究团队在对prp-19调控UPRmt的分子机制进行探索的过程中发现,prp-19 敲低能直接抑制细胞核定位的ATFS-1对其下游效应基因hsp-60(编码线粒体伴侣蛋白)的转录激活,此外ATFS-1 ChIP-seq以及RNA-seq数据分析结果显示,对于在线粒体应激条件下表达上调,且启动子区域能被ATFS-1结合的部分基因而言,prp-19敲低能显著抑制...
①单细胞(核)RNA测序的原理; ②基于Cellranger的上游分析; ③数据下载/导入/合并; ④数据质控(包括细胞质控和基因质控);并铺垫了细胞注释前几个数据处理技能(包括细胞周期矫正、去批次、差异分析)。 本期实际上和上一期的目的是一样的 ——细胞注释。
型号 分析纯 外泌体Exosome small RNA测序服务 齐岳生物供应商 外泌体(Exosome)是由细胞分泌而来的微小囊泡,直径约为30-200 nm,形态也呈现出多样性,有研究分为9个类别依次为:单囊泡、双囊泡、 多膜泡、小双层膜泡、椭圆膜泡、小管、大管、不完整的膜泡、不规则膜泡,其中在不同类别的囊泡中可以发现三个...
研究团队在对prp-19调控UPRmt的分子机制进行探索的过程中发现,prp-19 敲低能直接抑制细胞核定位的ATFS-1对其下游效应基因hsp-60(编码线粒体伴侣蛋白)的转录激活,此外ATFS-1 ChIP-seq【11】以及RNA-seq数据分析结果显示,对于在线粒体应激条件下表达上调,且启动子区域能被ATFS-1结合的部分基因而言,prp-19敲低能...
差异mRNA PPI分析 研究者通过对10例正常人和10例T1DM患者血浆外泌体进行分离鉴定,提取RNA进行外泌体lncRNA-seq测序;分析其中的mRNA,绘制T1DM血浆外泌体mRNA表达图谱;通过差异分析,差异基因功能富集分析和蛋白互作网络分析(PPI)挖掘核心基因,解析T1DM发病过程中外泌体mRNA的作用机制。在40对样本的验证队列血浆外泌体中...