第三代测序技术（Long Read RNA-seq）由于Illumina测序前需要事先将样本链打碎，测序后通过软件去还原完整的序列，而且单次读长限制在200bp以内，在做全转录组分析时可能会丢失相当一部分信息，而第三代测序技术恰恰弥补了这一短板。第三代技术有两种：1）单分子实时测序技术（SingleMolecular Real-Time Sequencing，S...
列:在测序数据中,通常有6到800+个样本。对于混合组织(bulk)RNA-seq,样本由很多不同的细胞组织,这样的测序可能需要3个正常样本和3个疾病样本,共计6个样本;对于单细胞RNA-seq,每个样本为单个细胞,这样的测序往往有更多的样本,可以达800+个。随着测序技术的发展与普及,测序的费用越来越低,...
RNA-seq,即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA,small RNA,non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今, RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析,与标准RNA-seq 类似,...
一、RNA-seq技术简介 1.诞生于20世纪70年代的Sanger法是最早被广泛应用的DNA测序技术，也是完成人类基因组计划的基础。2.2005年以来，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术和ABI公司的SOLiD技术为标志的新一代测序技术相继诞生，又称作深度测序技术。3.把高通量测序技术应用到由RNA逆转录生成的cDNA上，从而...
RNAseq 简介 RNA测序(RNA-seq)在过去十年里逐渐成为全转录组水平分析表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具,应用于如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome),RNA结构组(structurome), RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空间转录组学(spatialomics)等多种RNA层面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。
图1. 靶向RNAseq实验流程图 通过对多个细胞系进行检测分析,靶向RNA-seq方法在检测融合基因上更有优势,例如EWSR1-FLI1。同时在两例肺癌患者肿瘤组织中发现,靶向RNA-seq不仅能够确认ROS1和ALK的重组现象,同时能够确定其伴侣基因以及融合连接位点 (图 2)。提高融合基因检测率,并且与之前的诊断具有高度一致性。
RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点。除了分析基因表达水平,RNA-Seq还能发现新的转录本、SNP、剪接变体...
在本研究中,我们综述了目前用于基因表达一般分析的RNA-Seq方法和几个特定的应用,包括亚型和基因融合检测、数字基因表达谱、靶向测序和单细胞分析。此外,我们还讨论了在细胞中检测RNA方面的方法,现有RNA- seq方法的技术挑战以及未来的方向。 简介RNA分子是所有活细胞的重要组成部分。了解特定条件下特定细胞中每个RNA分子...