2.研究细胞发育和分化: 单细胞 RNA-seq可以追踪单个细胞在发育过程中的基因表达变化,帮助我们了解细胞分化的机制和过程。通过比较不同发育阶段或不同细胞类型的基因表达谱,可以揭示细胞发育的动态变化。 3.发现新的细胞类型和亚型: 单细胞 RNA-seq可以帮助我们发现新的细胞类型和亚型。通过聚类分析和细胞类型标记基因...
RNA-seq可以用于研究许多生物学问题:在不同细胞组织中,基因结构研究( 如可变剪切,SNP,基因结构变异 );ncRNA( non-coding RNA ),microRNA的功能研究;全基因组的表达调控研究等等。 大部分RNA-seq实验关注的是:不同生物样品之间,哪些基因是差异表达的。 在做基因差异表达(different expressed genes,DEGs)分析的时候,...
最早的RNA-seq，把一大群细胞混在一起，抽出RNA一起测序。由于所使用的管子枪头等器材容易粘附RNA，实...
转录组研究能够 从整体水平研究基因功能以及基因结构, 揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。 RNA-Seq 作为 一种新的高效、 快捷的转录组研究手段正 3、在改变着人们对转录组的认识。 RNA-Seq 利用高通量测序技术对组织 或细胞中所有 RNA 反转录而成的 cDNA 文库进行测序, 通过统计相关读段(reads)...
RNA-seq：基于二代测序技术，研究特定细胞在某一功能状态下所有RNA的功能，主要包括mRNA和非编码RNA。能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。Q20,Q30：Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比，其中Phred=-10log10(...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
RNA-seq的主要用途在于研究样本中的mRNA的种类与数量,但是mRNAs的存在与否并不直接关系到蛋白质的合成。现在有两种方法可以研究转录以外的翻译情况,可以让研究者们更好的理解翻译组(translatome):一种是多核糖体表达谱(polysomal profiling),一个是核糖体足迹RNA-seq(Ribo-seq)。核糖体对mRNAs的翻译具有高度的调节作...
先以临床肠胃功能疾病研究为背景,简单举个栗子:先通过RNA-seq联合微生物多样性检测,挖掘细菌的功能DNA并评估遗传潜力,在转录组层面探究肠道微生物和宿主的基因表达互作模式;随后配合后续的蛋白组实验检测酶活力,探究消化环节的催化反应机制;再借助代谢组手段探究生物合成途径和最终的代谢产物,用以分析消化吸收功能。以上通...
scRNA-seq于2009年首次报道,当时的研究者在含有裂解缓冲液的EP管中分离了单个卵母细胞。单细胞测序对生物学新问题的解释,以及现有的实验室和计算方法以极快的速度发展,甚至最近几年综述都已经过时了。每种scRNA-seq方法都需要将实体组织进行分离,分离出单个细胞(使用不同的方法),以及标记上每个细胞的RNA,对RAN扩增...
他是RTDBox、3D RNA-seq和TSIS的主要开发者,在转录组数据处理、时间序列分析及基因表达调控解析方面具有深厚研究经验,开发的数据分析方法同时适用于人类疾病研究和药物研发应用。 张润烜博士是英国詹姆斯·赫顿研究所的数量遗传学家和计算生物专家,独立PI,同时是SHARP GA基因技术公司创始人。他开发了RTDBox、TSIS和3D ...