RNA-Seq数据显示,与WT相比,ΔCsAtf1突变体中的CsCyp51G1基因上调表达。作者利用qRT-PCR测定了ΔCsAtf1突变体、ΔCsPbs2突变体和WT菌株HN08中CsAtf1和CsCyp51G1的表达量,结果表明ΔCsAtf1和ΔCsPbs2突变体中CsCyp51G1的转录水平显著上调。因此,qRT-PCR结果进一步证实了RNA-Seq分析的结果。综上所述,转录因子CsA...
1. 荧光定量PCR(qRT-PCR)验证基因或者转录本表达情况 通过荧光定量PCR验证基因表达水平,基于内参基因(管家基因:维持细胞基因代谢活动所必需的基因,在各组织和细胞中表达相对稳定)的表达水平,获得目标基因的相对定量水平,常见的内参基因包含GAPDH、β-Actin、18S rRNA等。 注:因qRT-PCR与转录组测序定量原理不同,一般建...
其中,参与补体和凝血级联,核糖体,氧化磷酸化和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路的基因差异数量最多。 图3 差异基因KEGG富集分析 5.qRT-PCR验证 挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 ...
qRT-PCR 分析发现,这些基因相对表达量变化趋势均与转录组中基因表达量(FPKM)变化趋势一致,其中FaPAL、Fa4CL-1、Fa4CL-2、FaDFR、Fa3GT、FaMYB6和FaMYB90在花瓣由白变红(S1至S6)发育过程中,相对表达量均逐渐升高,S6 时期的相对表达量显著高于S1。 ...
方法:RNA提取、qRT-PCR、RNA-seq、ChIP-seq、TUNEL(通过标记核酸末端检测DNA片段)、免疫印迹。 研究结果: (1)DNA损伤诱导小鼠胸腺和脾脏的p53依赖性细胞凋亡,但不诱导肝脏凋亡 图1:DNA 损伤在胸腺和脾脏中诱导 p53 依赖性细胞凋亡,但不诱导肝脏凋亡,具有共有和组织特异性的 p53 转录反应 图1A:对野生型C57/BL...
例如，对于定量特定几个基因的表达，qRT-PCR可能是最合适的；而对于全基因组表达水平的分析，RNA-seq...
图3 10个基因的qRT-PCR验证 / 总结 / 色素是贝壳颜色产生的主要原因。在本研究中，作者对非色素沉着、白色和红色的硬壳蛤进行了RNA-Seq分析，以探讨幼体硬壳蛤色素沉着的机制。DEGs有黑色素瘤/黑色素形成、ABC转运体、类胡萝卜素代谢相关途径、卟啉和叶绿素代谢，可能参与色素的形成和调控。这些发现表明黑色素和...
图3 10个基因的qRT-PCR验证 /总结/ 色素是贝壳颜色产生的主要原因。在本研究中,作者对非色素沉着、白色和红色的硬壳蛤进行了RNA-Seq分析,以探讨幼体硬壳蛤色素沉着的机制。DEGs有黑色素瘤/黑色素形成、ABC转运体、类胡萝卜素代谢相关途径、卟啉和叶绿素代谢,可能参与色素的形成和调控。这些发现表明黑色素和类胡萝...
同时，结合qRT-PCR以及RNA-Seq实验，研究人员发现en-R2Tg工具对细胞的转录组状态几乎没有影响。这说明 en-R2Tg 介导的基因写入是位点精准特异的，可以有效避免逆转录病毒等技术所产生的基因随机整合导致的基因突变风险。综上，该研究基于自然界存在的R2逆转座系统，结合数据分析和工程化改造方法，成功开发了全RNA介导...
最近来自巴西联邦大学(Federal University of Technology, Brazil)的研究人员对于当前六种mapping方法和九种差异表达分析的方法进行了综述。用来评估各种方法是基于RNA-Seq数据,qRT-PCR数据做为参考(gold standard)。同时他们也开发了一款软件可以用来展示论文中所有的分析。