做完RNA-seq测序分析之后,需要做QPCR来验证测序结果的准确性。关于QPCR数据的分析计算方法,小编在之前的推文中已经讲过了(qRT-PCR相对定量计算详解)。今天小编就给大家讲一下QPCR与RNA-seq结果相关性图的绘制。 数据准备 首先需要把QPCR的相对表达量以及RNA-seq测序的差异结果提取并整理成如下格式。需要注意的是,为了...
基于 Pearson 系数(r)对差异表达的 R2R3-MYB 与花色苷含量和花色苷生物合成结构基因表达量进行相关性分析,筛选出调控‘莓红’草莓花瓣花色苷合成的 R2R3-MYB 转录因子基因。 4、qRT-PCR 分析 使用Trizol 试剂盒提取不同发育时期(S1、S2、S3 和S6)...
其中,参与补体和凝血级联,核糖体,氧化磷酸化和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路的基因差异数量最多。 图3 差异基因KEGG富集分析 5.qRT-PCR验证 挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 ...
从图4中基因表达量检测范围看,RNA-Seq(Quantification)不仅检测范围比Affymetrix芯片宽,而且比Affymetrix更易检测到低丰度的基因。 定量准确 用qRT-PCR和RNA-Seq(Quantification)两种方法进行UHRR和HBRR基因表达差异研究,结果相关性如图5所示: RNA-Seq (Quantification)与qPCR研究结果相关系数为0.915,表明RNA-Seq (Quantifi...
进一步分析发现,Type I基因在不同细胞状态中的表达变化分为五种模式,剪接和未剪接RNA的变化具有较强的相关性,且两者变化存在微小的延迟。为验证差异表达基因与细胞周期的关系,研究人员通过qRT-PCR检测了G1、S/G2、G2/M时期细胞中的8个Type I基因,结果表明这些基因的表达差异与细胞周期密切相关。研究还发现,超过...
为了验证RNA测序结果,研究团队采用qRT-PCR检测了部分lncRNA和mRNA的表达水平。这些候选基因来源于差异表达显著的前10个lncRNA和mRNA,并结合生物信息学预测及文献报道筛选而来。选取了上调lncRNA (ENSMUST00000134834和ENSMUST00000152623)和下调lncRNA (ENSMUST00000144616和ENSMUST00000142112),以及上调mRNA (Cpb2和Apoc4) 和...
对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CDS区域。和CK样本相比,LT样本RFs在5’UT...
公式解释:(实验组+对照组) ×生物学重复数:如果实验组和对照组一共4个样本,做3个生物学重复,则样本数是4×3=12个;建议生物学重复数至少3个。 RNA-Seq数据挖掘:找到关键基因、功能和通路 验证:再做10个左右的qRT-PCR技术验证,推荐继续做功能验证,如果要发表高分文章,尤其是疾病研究文章,还需大样本量的验证。
图3 10个基因的qRT-PCR验证 / 总结 / 色素是贝壳颜色产生的主要原因。在本研究中，作者对非色素沉着、白色和红色的硬壳蛤进行了RNA-Seq分析，以探讨幼体硬壳蛤色素沉着的机制。DEGs有黑色素瘤/黑色素形成、ABC转运体、类胡萝卜素代谢相关途径、卟啉和叶绿素代谢，可能参与色素的形成和调控。这些发现表明黑色素和...