尽管已有多种方法用于基因变异的解读,如eQTL(表达数量性状基因座)和sQTL(剪接数量性状基因座),但这些方法大多依赖传统的统计学手段,难以深入揭示基因变异与RNA处理之间的复杂关系。与此同时,RNA-seq技术能够提供关于基因表达、剪接和多腺苷酸化...
该分析发现至少有一个已知的玉米开花时间基因是通过转座子eQTL相互作用被鉴定出来的。同时鉴定出顺式和反式-eQTL的一组基因包括AGAMOUSLIKE6、zag6,这是拟南芥开花时间整合子soc1的同源基因。在密歇根州,zag6表达水平较高与更多的开花天数和抽穗天数相关(图1和3b),但在内布拉斯加州则没有这种相关性。与zag6相关...
eQTL分析是针对TWAS标记的基因进行的,目的是找出它们与基因表达的相关性。该分析发现至少有一个已知的玉米开花时间基因是通过转座子eQTL相互作用被鉴定出来的。同时鉴定出顺式和反式-eQTL的一组基因包括AGAMOUSLIKE6、zag6,这是拟南芥开花时间整合子soc1的同源基因。在密歇根州,zag6表达水平较高与更多的开花天数和抽穗...
因此,我们着手通过基于潜在DNA序列的方法来建模RNA-seq以及额外的表观遗传测定的覆盖范围,而不依赖于基因注释的先验知识。 我们开发了一个名为Borzoi的模型,该模型能够有效地学习多层基因调控。 通过将归因方法应用于训练数据中个体RNA-seq实验的预测覆盖模式,Borzoi推导出主要的细胞类型特异性或状态特异性转录因子基序以...
转录组测序技术 (RNA-seq) 具有广泛的应用,RNA-seq数据分析主要步骤包括实验设计,质量控制,reads比对,基因和转录水平的定量,差异基因表达,可变剪接,功能分析,基因融合检测和eQTL定位等。 对于RNA-seq的不同分析方案,可根据研究目标生物及其研究目标进行设计。例如,如果基因组已知,则应该可以通过将RNA-seq reads比对到...
单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据的广义差异表达分析仍然是一个严峻的挑战,主要是由于两个关键的统计限制。 首先,将观察到的细胞间变异分解为其组成成分——生物学变异和测量噪声——是一个重大障碍。 这一困难源于基因转录和 scRNA-seq 采样过程中涉及的分子数量较少(图 1A)。 大多数现有方法实施了参数化模型,旨...
(一)脑组织RNA-Seq证明GWAS位点同样是表达性状位点(eQTL) 作者研究的第一步是对655个无精神类疾病的脑组织进行转录本测序(RNA-Seq),结合基因型数据,他们在10q24.32基因组区域内发现一个精神分裂症易感位点(rs7085104)与AS3MT和BORCS7的表达显著相关(图1.1)。随后,研究人员在精神分裂症,双向障碍,抑郁症患者的脑...
direct RNA-seq 而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法,基本上都是基于short-read(短读长)技术所产生的数据文件 目前,我们可以从Short Read Archive(SRA)数据库获取的RNA-seq数据中,有超过95%的数据是由Illumina公司的short read测序技术所产生的 其分析过程可以用下面的路线图表示 ...
读取比对、基因和转录本水平的定量、可视化、差异基因表达、可变剪接、功能分析、基因融合检测和eQTL映射。
图1 通过对内布拉斯加州和密歇根州的玉米进行全转录组关联分析(TWAS),确定与这两个地区玉米开花或结丝时间变异相关的基因。 图2 通过全转录组关联分析确定的一组显著基因之间的基因表达与开花时间的关系。 2、顺式和反式-eQTL改变了通过TWAS鉴定的基因的表达 eQTL分析是针对TWAS标记的基因进行的,目的是找出它们与...