RNA-Seq数据和芯片数据(Microarray data)是两种常用的基因表达数据获取技术,它们在原理、应用、数据质量、成本等方面有显著的区别。以下是两者的详细比较: 1.原理和技术 RNA-Seq(RNA Sequencing): RNA-Seq是通过高通量测序技术对RNA进行直接测序。首先提取细胞或组织中的总RNA,反转录成cDNA,然后进行高通量测序。通过...
基因表达芯片(Microarray)和RNA-seq都是用于分析基因表达的技术,但它们的原理、数据格式和输出结果有所不同。 1. 基因表达芯片(Microarray)数据格式 基因表达芯片技术通过预先设计好的探针(通常是已知基因的DNA序列)与样本中的RNA或cDNA进行杂交,从而检测基因的表达水平。在输出格式上,基因表达芯片通常以表格形式呈现数据。
RNA-Seq:具有非常宽的动态范围,其动态范围可跨越多个数量级,比大多数芯片技术高出几个数量级。这使得RNA-Seq能够检测到更多低丰度的基因,具有更高的灵敏度。 基因芯片:动态范围相对较窄,可能无法准确检测到低丰度的基因。 三、检测能力与准确性 RNA-Seq:不仅能够检测基因表达谱,还能鉴定选择性剪接异构体、剪接位点...
在探索性研究和非模式生物研究中,RNA-seq才是更合适的选择。 常见误区三: RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更...
RNA-seq 可以揭示未知的转录本、基因融合和遗传多态性，而芯片只能检出明确的已知目标。在测序深度足够的情况下，RNA-seq 在高丰度和低丰度转录本检测中都比芯片有效。不过由于芯片可以快速分析大量样本，该技术在这方面还将继续占据统治地位，FDA 国家毒理学研究中心的 Weida Tong 指出。不过，科学研究最终将完全转向 ...
RNA-seq——更加灵敏,可减少漏网之鱼 研究指出,在检测丰度较高的基因时,RNA-seq和芯片的结果基本一致。但在检测表达水平低的基因时,RNA-seq更加准确。为什么? 当基因低水平表达时,芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光,难以压倒背景荧光。对于RNA-seq而言,覆盖度越...
无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从 一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势。 这种方法不需要预先设计的探针,因此数据集是无偏倚的,实现了无假设的实验设计。 这种类型的NGS分析对转录本和变异发现研究而言是一种有力工具,而传统的芯片方法 无法实现。 更宽的动态范围和更高...
微阵列芯片 RNA-seq RNA-seq是一种快速且高通量的方法,不依赖于预先设计的探针或已知的序列碱基特征,因此具有较高的灵敏度和检测新基因以及遗传变异的能力。 首先提取总RNA并在纯化后片段化处理,然后构建cDNA文库,使用高通量测序的方法对cDNA进行测序。获得测序序列后比对到参考基因组上(或者从头组装转录本后再比对)...