01 软件介绍 swCAM[^1]是一个基于普通转录组技术,分析样本内细胞亚群的组成、占比、基因表达及其差异表达和分子功能为一体的分析软件。以往基于普通转录组技术的分析方法与软件不能实现样本内细胞亚群的分析,只…
利用单细胞特征对批量轮廓进行反卷积 已发表的大量肿瘤scRNA-seq数据集意味着大多数与癌症相关的细胞类型和细胞状态可能已经被描述。细胞类型和细胞状态的相应特征可用于改进批量RNA-seq的反卷积分析。反卷积是指估计样本中的细胞类型和细胞状态频率,以便所有这些细胞的组合表达谱将为观察到的批量RNA-seq 谱提供最佳的拟...
已发表的大量肿瘤scRNA-seq数据集意味着大多数与癌症相关的细胞类型和细胞状态可能已经被描述。细胞类型和细胞状态的相应特征可用于改进批量RNA-seq的反卷积分析。反卷积是指估计样本中的细胞类型和细胞状态频率,以便所有这些细胞的组合表达谱将为观察到的批量RNA-seq 谱提供最佳的拟合。这种方法近年来被广泛应用,促进从...
Type-II问题是由于在反卷积中使用未匹配基因长度标准化的scRNA-seq和bulk RNA-seq data作为输入引起的。许多人可能没有注意到,由于scRNA-seq和 (total) bulk RNA-seq的协议差异,在原始计数下,scRNA-seq data中的基因表达与基因长度无关,而在bulk RNA-seq data中与基因长度有关。因此,如果使用原始计数的scRNA-se...
通过反卷积大量的rna-seq样本获得细胞类型的分数,骨髓来源的抑制细胞(MDSC)在UTI处理的样本中显著扩增。进一步的细胞-细胞间的信号分析揭示了一些信号通路,如ANEEXIN、GRN和RESISTIN可能参与了UTI的免疫调节作用。该研究结果搭建了UTI治疗...
图4. 健康组织和肿瘤组织RNA-seq的大规模TME反卷积。 进一步,研究团队在临床环境中收集了不同级别的原发性早期非小细胞肺癌(NSCLC)和透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤,测试了Kassandra准确重建TME的能力。研究团队对NSCLC、ccRCC肿瘤标本进行批量RNA-seq和CyTOF分析,并使用40多种细胞标记对为CyTOF制备的相同细胞悬液进行RN...
图4. 健康组织和肿瘤组织RNA-seq的大规模TME反卷积。 进一步,研究团队在临床环境中收集了不同级别的原发性早期非小细胞肺癌(NSCLC)和透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤,测试了Kassandra准确重建TME的能力。研究团队对NSCLC、ccRCC肿瘤标本进行...
(2)RNA-Seq表达量的话,FPKM和TPM都可以; 2,数据转化 CIBERSORT需要2个输入文件,一个是表达矩阵文件,一个是前面提到的LM22.txt(22种免疫细胞的基因表达特征数据)。 因为下载的是log2(FPKM+1)后的FPKM,这里根据CIBERSORT的要求转为FPKM。另外就是需要将行名变成一列 。
批量RNA测序(bulk RNA-seq)可以在给定时间内揭示肿瘤中所有基因和TME的存在及数量,但如果没有细胞反卷积技术,仅凭总RNA表达量无法确定单个RNA分子的细胞起源。近期,科研人员开发了基于深度学习的反卷积方法,但这些方法往往需要对相同组织类型的单细胞RNA-seq数据或配对流式细胞仪数据进行再训练,这限制了其临床应用。