RNA-seq全流程和细节探讨 1. 技术流程概括: RNA-seq技术流程可概括如下图,主要包括建库、扩增和测序三大板块。 原创 2. 接头序列(Adapter)的功能: (1)在cDNA文库构建板块中Adapter的功能是充当文库PCR扩增的引物,这次PCR扩增的目的是使DNA样品浓度满足测序仪上样要求。 (2)在测序板块中Adapter的功能是充当序列桥...
基于这一方法也开发出了能够自动化荧光测序的仪器(图2)。由于一代测序技术步骤繁琐耗时,测序通量低,读长短且成本高昂,无法满足目前组学研究的需求。图1 | Sanger Method的基本原理和流程图 图2 | 基于Sanger Method的自动化荧光测序技术 第二代测序技术(Short Read RNA-seq)第二代测序技术在测序方法上取得了...
其基本原理如下图。 RNA-seq的简要流程图 RNA-seq有什么特点呢? 首先,比较突出的一个特点就是RNA-seq可以揭示未知的转录本、融合基因和遗传多态性,这些是芯片无法做到的。RNA-seq无需预先设计特异性探针,因此,无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析...
首先是测序得到的fastq文件,通过和参考序列的比对和表达定量,生成原始的定量结果(如下图所示)。最左列是基因名,最上列是不同细胞系/不同处理的名称,中间的数字就是对测序结果的定量值(绝对定量)。 2.数据标准化。 DESeq2将对原始reads进行建模,使用标准化因子(scale factor/size factor)来解释库深度的差异。然后...
图1 RNA-Seq筛选到的乙烯生物合成和信号转导相关差异基因相对表达的热图(Li et al., 2022)。 1.2 ATAC-seq ATAC-Seq技术是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶切割DNA序列来检测染色质可及性的方法。通俗地讲,就是Tn5转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA,...
RNA-seq的简要流程图 RNA-seq有什么特点呢? 首先,比较突出的一个特点就是RNA-seq可以揭示未知的转录本、融合基因和遗传多态性,这些是芯片无法做到的。RNA-seq无需预先设计特异性探针,因此,无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析;而芯片是固定的探针集,只能检出明确的已知目标。
RNA-seq测序原理 基于10X Genomics 平台的高通量单细胞 RNA Seq技术是利用液滴法的原理,使用GemCode技术,通过控制微流体的进入,将带有 barcode、UMI(Unique Molecular Index,分子标签)、引物及酶的凝胶珠(Gel Beads)与单细胞混合,从而实现大规模的单细胞分离,以及单细胞文库构建的技术。
下图为某一条RNAseq从数据预处理,序列回帖到数据可视化的工作流程,包含了较多的软件(Linux环境运行)和若干个包(R语言环境运行),本系列将按下图,对每一个步骤进行学习和理解。 某RNAseq分析流程 问题: 1. 单端测序和双端测序是什么意思? 2. 双端测序的read1和read2有什么关系?在后续的拼接和比对时是如何参与的...
1,RNA-seq 测试原理 测序步骤,先去除保守的rRNA ,→polyA 尾的特性,用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA(由RNA变成单链DNA)→再合成第二条DNA(双链DNA)→用相应的酶切加上A,加上Y 行接头(adaptor) 主要应用:差异表达mRNA,可变剪切,融合基因,SNP, ...
RNA-Seq基本原理 RNA-Seq(RNA sequencing),又称全转录组鸟枪法测序(Whole transcriptome shotgun sequencing, WTSS)。它利用新发展起来的高通量测序技术来测定一个样本组织中的全部RNA的组成(mRNA,micro RNA,circo RNA,lnc RNA等),研究不同类型的RNA采用不同的策略。该技术应用于分析不断变化的细胞转录组,能够研究...