但是当处于异常条件下,或者由于自身衰老变异或者受到外部的刺激,比如细菌病毒的感染,射线照射等,这之后往往导致非编码RNA表达的变化,进而影响蛋白表达的变化,从而引起一系列的病理反应,最终导致疾病。 那么反过来,如果我们想了解某一疾病具体的发病机理,我们是不是可以提取某一疾病状态下组织或者细胞的总RNA,去分析它们和...
RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...
RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程，主要分为以下步骤：1.数据质量控制：检查原始测序数据的质...
三阴性乳腺癌(TNBC)是一种侵袭性和致命的恶性肿瘤。目前肿瘤免疫治疗的成功将注意力集中在中间T细胞亚群和肿瘤微环境上,这对激活抗肿瘤反应至关重要。根据scRNA-seq数据,在多次分析中确定了25,932个细胞。对T…
GO分析是RNA-seq分析中非常常用的一种分析。GO是Gene Ontology的缩写,Gene Ontology是一个国际化的、基因功能分类体系。这个体系用一整套动态更新的标准词汇和严格定义的概念,来全面地概括任何生物中基因和基因产物的属性。 GO主要描述基因的三个属性:基因参与的生物过程(biological process, BP),基因产物的功能(molecul...
测序目的：RNA-Seq旨在了解转录组在不同条件下的表达情况，包括基因的表达水平、转录本的变异、转录后修饰等。而甲基化测序则主要用于揭示DNA的甲基化模式，探索甲基化与基因表达调控、细胞分化、疾病发生等过程的关系。实验方法：RNA-Seq的实验流程通常包括RNA提取、文库构建、高通量测序和数据分析等步骤。而甲基化测序...
就我的实验来说,选择的是建立标准cDNA文库,RNA selection包含mRNA和非编码的RNA,2×150的paired-end测序。根据需要选择参数后测序,得到很多reads,对它们进行拼接和组装,blast,分析可能存在的病毒。 而多数RNA-seq目的是分析样品间转录组差异,分析过程包括reads的比对和组装,定量转录本丰度,过滤和标准化,差异表达分析。
功能富集分析(Functional Enrichment Analysis) clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。 可视化 快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp...
RNAseq,即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术,作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今,RNAseq在转录本变异检测,基因融合检测,可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测,是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列,来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失,其结...