RNA-seq目的、用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异;检测药物治疗前后,基因表达的差异;检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异。 还可以检测 ...
每个样本平均测20-30 million reads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的...
但是当处于异常条件下,或者由于自身衰老变异或者受到外部的刺激,比如细菌病毒的感染,射线照射等,这之后往往导致非编码RNA表达的变化,进而影响蛋白表达的变化,从而引起一系列的病理反应,最终导致疾病。 那么反过来,如果我们想了解某一疾病具体的发病机理,我们是不是可以提取某一疾病状态下组织或者细胞的总RNA,去分析它们和...
RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失...
研究目的 首先,说下RNA-seq的研究目的,第一篇论文告诉了我们答案: 可以分为四个方面: 样本水平分析:这里主要通过计算不同生物之间的相似性,通过构造相似性矩阵或者相关矩阵来衡量不同sample的相似性。 基因水平分析:基因差异表达分析,这是RNA-seq最主要的目的了把,也是运用最多的,就是通过RNA反过来研究细胞特异性的...
GO分析是RNA-seq分析中非常常用的一种分析。GO是Gene Ontology的缩写,Gene Ontology是一个国际化的、基因功能分类体系。这个体系用一整套动态更新的标准词汇和严格定义的概念,来全面地概括任何生物中基因和基因产物的属性。 GO主要描述基因的三个属性:基因参与的生物过程(biological process, BP),基因产物的功能(molecul...
RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程，主要分为以下步骤：1.数据质量控制：检查原始测序数据的...
既然这么便宜,那么每个看到明确现象的实验团队都改尝试一下RNA-seq,说不定就给课题开了新的思路。 转录组测序的分析分为上游分析和下游分析,简单区分就是,你有没有服务器。如果有,那就把上游分析给包了,这在以前不可想象,但是因为生信技能树这样的团体存在,推动了我国生物信息技术的普及,让生物信息不在遥不可及...