每个样本平均测20-30 million reads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的...
结构变异分析 small RNA 特殊处理 流程 寻找新的 miRNA 基因 血清miRNA 测序 原视频 第七期 微信内使用腾讯源,理论上无广告 第九期 微信内使用腾讯源,理论上无广告 数据分析 分布均匀性统计 把测到的 RNA 片段,mapping(比对)到基因组上。比对有多少的 RNA...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-s...
结构变异 (1)可变剪接 (2)融合基因 (3)点突变 RNA 高通量测序 (RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前 高通量测序技术 中被用得最广的一种技术,RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。它可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异;也可以检测药物治疗前后基因表达的差异;还...
RNA-Seq测序,又称RNA sequence测序,即转录组测序,简称RNA测序,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 什么是转录组? 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生...
研究对象:RNA-Seq主要关注RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA等,而甲基化测序则专注于DNA的甲基化状态,特别是胞嘧啶的甲基化。 测序目的:RNA-Seq旨在了解转录组在不同条件下的表达情况,包括基因的表达水平、转录本的变异、转录后修饰等。而甲基化测序则主要用于揭示DNA的甲基化模式,探索甲基化与基因表达调控、细胞...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq): 主要用于蛋白质与DNA相互作用研究,采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。(与外显子测序...
RNA-seq是什么? RNA-seq即转录组(transcriptome)测序技术, 是用高通量测序技术对所有转录本进行序列分析,从而反映出它们表达水平的一种技术。 所谓转录组是指特定组织或者细胞在某一发育阶段或功能状态下,转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA及非编码RNA(non-coding ...
01siRNA小干扰核糖核酸(small interfering RNA),指一类长约21-23nt(从文献报道看,19-25nt都是可以的)的双链RNA分子,一般3’端有两个游离的碱基,通过RNA干扰途径沉默目标基因。 图1.siRNA的结构 02shRNA小/短发夹RNA(short hairpin RNA),是一种依赖茎环序列产生的短双链RNA结构(19-25nt),可利用载体导入细胞...