head -4 SRR_Acc_List.txt |while read id;do kingfisher get -r $id -m ena-ascp ena-ftp prefetch aws-http;done 到这儿,准备工序已经就绪,接下来就可以按照作者给出的流程进行分析啦! 2 质控(使用FastQC分析序列质量) 处理任何样本之前的第一步是分析数据的质量。fastq 文件中包含质量信息,指的是每个...
RNA-seq工作流程主要分为以下三步: 文库制备,使用可精确检测链方向的方法获得完整的转录组图像。 兼容FFPE RNA。 测序。 数据分析。 分析流程(Analysis Pipeline) 上游分析的过程需要在Linux系统中完成。由上述测序技术所得到的原始测序文件为.fastq格式文件,其主要格式为: @A00184:675:HKHGGDSXY:2:1101:1181:1000...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma...
samtools view -S seq.sam -b > seq.bam #文件格式转换 samtools sort seq.bam -0 seq_sorted.bam ##将bam文件排序 samtools index seq_sorted.bam #对排序后对bam文件索引生成bai格式文件,用于快速随机处理。 至此一个回帖到基因组对RNA-seq文件构建完成。这个seq_sourted.bam文件可以通过samtools或者IGV( ...
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和 ...
RNA-seq 中最常用的分析方法就是找出差异表达基因 (Differential gene expression, DEG),在实验室中,标准流程就分为三步: step1: 构建测序文库,包括提取 RNA, 富集 mRNA 或清除核糖体 RNA, 合成 cDNA, 加上接头 step2: 在高通量测序平台(通常为 Illumina) 上对文库进行测序,每个样本的测序深度为 10-30M 读...
clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。 可视化 快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp -w 20 -i raw/sample1_R1.fq.gz -I...
RNA-seq数据分析流程01：illumina测序原理 目前最为常用的NGS技术，可以应用于应用于基因组的组装，还可以...
指控分析报告生成 利用multiQC整合分析结果，生成详细的指控分析报告，全面评估分析流程。通过优化与标准化步骤，RNA-seq上游分析流程得以简化与高效执行，确保了分析结果的准确性和可靠性。整个流程的关键点包括质量控制、序列过滤、高效比对以及基因表构建，每一步都旨在确保数据的高质量与分析结果的准确性。
转录组数据分析的主要流程：数据准备。一般是fastq格式文件，或者是从数据库白嫖来的转录组数据，通常为...