RNA pull down-实验简介 RNA pull down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验方法之一。使⽤体外转录法标记⽣物素RNA探针，然后与胞浆蛋⽩提取液孵育，形成RNA-蛋⽩质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从⽽与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过WB 实验检测特定的RNA 结...
RNA pulldown 是体外实验,非特异性结合风险较高,建议实验组和对照组同时打质谱,以便排除非特异性结合蛋白。 4、如果按照 RNA pulldown 说明书的方法提取蛋白,会不会有些微量蛋白提取的比较少?或可以使用强 RIPA 裂解液的方法进行蛋白提取吗? 不可以用强 RIPA 的方法提取蛋白,要用温和的裂解方法,以保证蛋白活性。
RNA拉down实验也有一些缺点,如: 1.磁珠的选择性不够。例如,RNA拉down技术受到磁珠的影响,不同的磁珠会产生不同的实验结果,因此磁珠的选择是至关重要的。 2.成本:RNA拉down实验的成本较高,因此,它的应用范围有限。 3.只能检测到蛋白和RNA结合,不能检测到RNA和其他物质结合,因此不能用来研究RNA的功能性相互作用...
RNA pull-down的基本步骤如下:① RNA标记:首先,标记目标RNA分子(通常是合成的in vitro转录RNA),通常使用生物素(biotin)标记。这种标记的RNA片段可以被用作“鱼饵”来捕获与其相互作用的蛋白质。② RNA与细胞提取物相互作用:标记的RNA片段被加入细胞或组织的提取物中,使其和与之相互作用的蛋白质结合形成RNA-蛋白质...
Co-IP和Pull-down都是用于检测蛋白相互作用的实验,两者有很多相似之处,如只能检测强相互作用、只能定性分析、不能检测瞬时相互作用等。同时两者在原理及实验操作上也存在一定的区别。免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation,Co-IP)通过使用靶蛋白特异性抗体来间接捕...
RNA pull- down实验常见问题 RNA结合蛋白的亲和力不够 可能的原因：1)结合缓冲环境没有优化；2)裂解不完全；3)磁珠用量不足；4) RNA探针用量不足解决方案：1)优化孵育时间、温度、盐浓度等条件；2)增加裂解液和蛋白上样量的比例；3)增加裂解液；4)增加磁珠或探针用量；5)确定生物素和涟霉亲和素效率 RNA...
RNA pull-down使用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分别离。复合物洗脱后,通过Western Blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。 1) lncRNA筛选: 通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对多对疾病模型和...
基于MS2标签的pull down通过在RNA末端融合MS2适配体，利用噬菌体MS2外壳蛋白与MS2适配体的特异性结合，实现RNA与蛋白质复合物的分离。这种方法避免了探针设计的复杂性，但需要优化质粒用量和转染摩尔比，以避免非特异性结合。每种策略都有其优缺点，选择合适的方案取决于RNP的特性。了解这些方法后，研究人员...
RNA pull-down用于检测RNA-蛋白质、或RNA-RNA之间相互作用的技术,其基本原理是:利用带标签的目标RNA探针与待测蛋白质或RNA进行体外或体内结合,通过亲和作用将复合物分离出来,之后采用Western Blot、质谱技术检测结合蛋白,或采用qPCR、测序技术检测结合RNA。
采用RNA pull down、RNA-RIP(RNA Binding Protein Immunoprecipitation)、ChIRP-seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质。 采用lncRNA芯片分析技术结合mRNA对lncRNA功能进行预测,研究lncRNA trans和cis作用机制。 采用配体指数级富集系统进化技术(systematic evolution of liga...