To run the test please use the following command: <InstallPath>/RNAEditingIndex -d <InstallPath>/TestResources/BAMs -f _sampled_with_0.1.Aligned.sortedByCoord.out.bam.AluChr1Only.bam -l <your wanted logs dir> -o <wanted cmpileup output dir> -os <wanted summery dir> --genome hg38 -...
Bottom: The strand-specific RNA editing index (“Methods”) was calculated separately for A-to-G and T-to-C mismatches, showing negligible, indistinguishable from zero, editing level for T-to-C sites on the coding strand. f A swarm plot showing the distribution of free energies for in-...
RNA base editing enables a precise, reversible and doseable change of genetic information. Here, authors propose base editing as a method to control post-translational modifications via removal of regulatory phosphorylation and acetylation sites, applying the approach to modulation of the JAK/STAT pathw...
不设置此参数时,使用默认压缩等级-m INT 设置每个线程运行时的内存大小,可以使用K,M和G表示内存大小-n 设置按照read名称进行排序-tTAGSortbyvalueof TAG.Usespositionassecondary index(or read nameif-nisset)-o FILE 设置最终排序后的输出文件名-TPREFIX 设置临时文件的前缀 PREFIX.nnnn.bam--no-PG不添加PG行...
http://srv00.recas.ba.infn.it/atlas/index.html 这些RNA编辑位点来源于不同部位,不同组织类型的样本,各个组织类型的样本示意如下 从2018年8月开始,该数据库也开始收录来自其他物种的RNA编辑位点信息。通过官网的搜索功能,可以方便的检索数据库,搜索页面如下 ...
是一个基于网络的交互式数据库,RNA编辑数据库目前存储分布在706个不同核苷酸序列上的9964个编辑事件。这些编辑修改中有67%是由于替换,插入占30%,删除占3%。关于序列位置,486个序列来自线粒体,其余220个序列来自叶绿体。 4.RESOPS:http://cib.cf.ocha.ac.jp/RNAEDITING/ ...
Besides, if there is any filter that you do not want to perform in the filter list, just replace the index number from the filter name to zero. For example, in DNA-RNA mode, I do not want to perform known SNP filter and likelihood test filter, then the order should be '12345008'....
IsomiR(with RNA Editing) miRNA异构体分析 上下两个输入框分别为输入miRNA和序列号而设,下面以miR-21-5p为例进行搜索,结果示例如下: 其中核苷酸样本、修整方式、编辑速率可以勾选。点击图中黄色字体MIMAT0000076、MI0000077会出现其在microRNA数据库中的信息内容。点击运行会出现具体的Putative miR Editing Performance、...
Frontiers in Genome Editing编委。研究方向为:(1)癌症中异常选择性剪接的调控机制,(2) RNA药物研发。目前共主持4项国家/省部级以上基金,发表18篇SCI论文,其中以第一作者和通讯作者在Science Bulletin,WIRES RNA,Fundamental Research,Ch...
2019年,北京大学魏文胜课题组开发了LEAPER技术(Leveraging Endogenous ADAR for Programmable Editing of RNA),并于2022年升级为LEAPER 2.0 ,通过工程化的环状RNA招募细胞内源的ADAR蛋白,在靶向位点实现了高效且精准的编辑。由于LEAPER是一种依赖于内...