转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
宏转录组测序:对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,获得微生物的基因表达信息。
转录组测序数据分析流程 转录组生物信息分析流程见下图: 这是一个基础的转录组分析流程,包括样品间相关性分析、PCA(主成分) 分析、火山图制作、差异表达基因的筛选、GO/KEGG 富集分析、GSEA 富集分析 、wikipathway富集分析、reactome富集分析、蛋白互作分析、免疫浸润分析等,更多功能还在持续扩展完善中。 2.相关性分析...
互作转录组相关研究中,研究物种主要集中于以下几类:致病菌(真菌或细菌)与动植物;共生菌与植物;动物与动物;植物与植物以及病毒与宿主。 建库测序技术 真核宿主-真核病原体:抽提totalRNA,用polyA磁珠富集mRNA,链特异性建库 真核宿主-原核病原体:抽提totalRNA,用去核糖体试剂盒反向富集RNA,dUTP链特异性建库 ...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 11.1万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 ...
如果样本只是轻微降解的话，这些基因表达差异在可接受的范围内，RIN值的下降导致差异表达基因的数量逐渐增加，包括mRNA和lncRNA，这种变化是RNA降解扭曲了差异表达分析的结果。测序结果 为什么我用qPCR做出来的结果要比你们转录组测序差异更加明显？又为什么细胞基因过表达/敲低后做转录组测序结果显示基因表达非上升/降低，...
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。
短读长(short-read)二代测序是转录组范围基因检测和表达定量最常见方式,其主要原因是它可以获得全面的,高质量的全转录组表达数据。基于Illumina测序平台的转录组表达测序实验(RNA-seq)和分析包含以下核心步骤(以真核mRNA为例):RNA的提取,mRNA的富集、cDNA的合成,接头连接,PCR扩增,上机测序和后期的数据分析(图3)。
总RNA适用于研究全转录组表达水平的变化,而mRNA主要用于研究特定基因的表达。 二、测序方法 RNA测序通常分为以下几个步骤: 1.文库制备:将RNA样品转录为cDNA,进行文库建立。可以使用聚合酶链反应(PCR)扩增cDNA,以增加测序信号。 2.测序平台选择:根据实验需求和预算,选择合适的测序平台,如Illumina HiSeq、Ion Torrent...