(Xi(tj)-xi)就是t时刻某个原子的位置减去初始时刻它的位置(也是位置偏移量),然后取所有时刻(可以理解为50w个2fs)的偏移量的平方和,然后对时间T取平均,然后开方,就是这个原子在时间T内,相对于初始时刻的RMSF。到这里,区别就明显了:RMSD一般是说的某个时刻相对于参考构象的结构偏差;而RMSF是说的一段时间内,...
为需要计算RMSD的结构填写Amber mask(详见《分子动力学模拟(Amber 20)》的预备知识),可填写多项,每项对应一条曲线。参照分子可选择轨迹的第N帧或上传文件。 例如,计算某蛋白1-266号残基的蛋白骨架(CA、C和N原子)RMSD,可在mask填写:1-266@CA,C,N。 RMSF 为需要计算RMSF的结构...
计算RMSD的时候，公式如下：δi就是某⼀帧的第i个原⼦的位置减去参考构象中它的位置（位置偏移量），然后取所有原⼦的偏移量的平⽅和，然后对原⼦数N取平均，然后开⽅，就是这⼀帧结构相对于参考构象的RMSD。同样是这个轨迹，现在我要求RMSF，公式如下：可以看出来，⾥⾯引⼊了T（时间）这个...
RMSD一般是说的某个时刻相对于参考构象的结构偏差; 而RMSF是说的一段时间内,某一个原子相对于参考构象的结构变化,反应了原子的自由度(灵活性)。
RMSD值可以反应出模拟过程中体系的稳定情况,将rmsd.xvg导入EXCEL表,绘折线图,由图可知动力学模拟逐渐达到平衡。 全体系的alpha-C原子的均方根涨落(RMSF)结果获取及分析 输入如下命令:gmx rmsf -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot.trr -o rmsf.xvg ...
RMSD，Root Mean Square Deviation； RMSF，Root Mean Square Fluctuation。 一个是偏移，一个是涨落。 二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。 维基上可以查到RMSD的定义式：RMSF的定义如下：RMSF和粒子的B-factor是...
在轨迹分析中，RMSD（均方根偏差）和RMSF（均方根波动）是两个常用的指标，它们通过对位移的平方和求平均值来衡量结构的稳定性。RMSD关注的是单个时间点上结构相对于参考构象的偏差，计算方法是取每个原子位置与参考位置的偏移量平方和，再除以原子数并开方。例如，对于1ns的轨迹，每2fs保存一帧，50万...
也是用gromacs里的命令计算的gmx rms和gmx rmsf 是不是它们差不多，只是命令不太一样一个是rmsd一个...
他的意思是RMSD不能说明是否刚性，你只说lower RMSF means a more rigid structure我感觉没什么问题 ...
2、课后复习:提供随堂电子资料、培训视频回放(回放视频仅供个人学习使用) 3、学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的1V1解答与指导 4、参加培训可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书