RMSD，Root Mean Square Deviation； RMSF，Root Mean Square Fluctuation。 一个是偏移，一个是涨落。 二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。 维基上可以查到RMSD的定义式：RMSF的定义如下：RMSF和粒子的B-factor是相...
标红那句话的确是对的，RMSF和RMSD两个指标只能说明突变体与初始状态的偏离程度较小。但是传统做酶热...
因为我现在rmsd了解了 ...ndx文件是模拟之前就已经生成了的，rmsd和rmsf生成的是xvg文件 ...
RMSD是对原子总数求平均，RMSF是对时间求平均，下面有个网站你可以看看 http://junnys.bokee.com/...
楼主好，我在那个网站下到的vmd.rc和.vmdrc感觉是一样的。我改成window版的文件用\，而不是/ 但是...
RMSD 给定一个分子结构的两种状态,delta_i就是第i个原子的位置在这两种状态下的差值(偏移),对结构中所有的粒子的偏移量求平方和再平均,开方,就是RMSD。 RMSF的定义如下: RMSF 可以看到,RMSF计算的是一个粒子在时间T内,其位置的偏移量之平方和随时间的平均后再开方。RMSF的计算可以写成积分的形式,时域上(0,T...
因为我现在rmsd了解了 ...ndx文件是模拟之前就已经生成了的，rmsd和rmsf生成的是xvg文件 ...
rmsf是轨迹中每个原子坐标的标准差，只与轨迹中原子的运动有关，-s的文件只用来做fit，选择nofit之后就...
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA,具有图形化界面希望对大家有用。 PS:在WIN下成功安装了,但是在UBUNTU下无法正常安装 能安装的朋友麻烦给指点一下,作者说OPENSUSE可以 一个介绍该plugin 的paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract ...