RMSD 给定一个分子结构的两种状态,delta_i就是第i个原子的位置在这两种状态下的差值(偏移),对结构中所有的粒子的偏移量求平方和再平均,开方,就是RMSD。 RMSF的定义如下: RMSF 可以看到,RMSF计算的是一个粒子在时间T内,其位置的偏移量之平方和随时间的平均后再开方。RMSF的计算可以写成积分的形式,时域上(0,T)...
RMSD，Root Mean Square Deviation； RMSF，Root Mean Square Fluctuation。 一个是偏移，一个是涨落。 二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。 维基上可以查到RMSD的定义式：RMSF的定义如下：RMSF和粒子的B-factor是相...
RMSD是对原子总数求平均，RMSF是对时间求平均，下面有个网站你可以看看 http://junnys.bokee.com/...
得到轨迹文件之后用什么软件进行RMSD和RMSF的计算呢？也是用gromacs里的命令计算的gmx rms和gmx rmsf ...
一直不太明白轨迹的RMSF的计算是怎么实现的,amber的手册中提到的是 rms frist out **.rmsd @* time 0.2 atomicfluct out **rmsf.out @* byres bfactor 而将轨迹导入VMD脚本分析,得到的RMSDF又是什么呢? 返回小木虫查看更多分享至: 更多 今日热帖Reax...
rmsf是轨迹中每个原子坐标的标准差，只与轨迹中原子的运动有关，-s的文件只用来做fit，选择nofit之后就...
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA,具有图形化界面希 ... 该问题已解决,在UBUNTU中使用可将样本中的$VMD改成VMD安装的实际途径, 菲常亦可 2楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-08-26 19:24:12 该问题已解决,在UBUNTU中使用可将样本中的$VMD改成VMD安装的...
RMSD是对原子总数求平均，RMSF是对时间求平均，下面有个网站你可以看看 http://junnys.bokee.com/...
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