🔬 RIP-seq与ChIP技术的区别 RIP技术可以看作是染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物。因此,RIP实验的优化条件与ChIP实验有所不同。例如,复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等。💡 RIP技术的下游应用 RIP技术结合mi...
ChIP-seq和ATAC-seq的区别:ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子。ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感兴趣的...
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简介 通过染色质免疫沉淀(ChIP)检测和测序技术相结合,ChIP测序(ChIP-Seq)成为鉴定转录因子及其他蛋白因子在全基因组范围内的DNA结合位点的强有力方法。在ChIP操作之后,通过特异抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀。…
通常,ChIP 用来检测某种特异蛋白或某种特异蛋白修饰在某个基因组区域的相对丰度。并依赖于使用一种抗体从细胞或组织提取物蛋白混合物中分离某种蛋白、组蛋白、转录因子或辅因子及其结合的染色质,或使之沉淀。因此,这种技术的名称为:染色质免疫沉淀法。在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂...
在原理上，RIP与ChIP非常相似，可以理解为只是研究对象不同，RIP主要是研究蛋白-RNA间的互作情况。这些RNA可以是mRNA、非编码RNA甚至病毒RNA等。在实验方案和步骤上，RIP也有自身特别需要注意的地方，后面将会一一介绍。RIP实验可根据目的分为两种情况，一种是探索性实验，另一种是验证实验。具体讲，第一种是靶RNA未知...
关于RIP与clip-seq的比较 image.png 3、数据分析 基本流程分析还是类似于chip-seq; 数据质控→ 找peak → peak 分析; 新的研究思路还是需要阅读相关文献。 image from 达澈生物 image from 达澈生物 最后推荐一个研究RNA结构的必备网站:ENCORI,里面有很多公共clip-seq数据等 ...
RIP技术类似于ChIP，但针对的是RNA-蛋白复合物而非DNA-蛋白复合物，因此在实验条件上有所区别，如需要确保反应体系不含RNA酶，且使用的抗体需经过验证。进一步地，RIP-seq技术结合了RNA免疫沉淀与高通量测序，通过免疫沉淀目标蛋白并进行测序，能够揭示蛋白与大量RNA靶点的结合模式，以及结合强度的定量，从而...
RIP-seq is similar to both RNA-seq and ChIP-seq, but presents unique properties and challenges. Currently, no statistical tool is dedicated to RIP-seq... Y Li 被引量: 0发表: 2019年 Co-immunoprecipitation: protein-RNA and protein-DNA interaction. IP experiment with subsequent use of new-ge...
RIP实验结果可与其他转录组学、蛋白质组学或表观遗传学数据相结合,综合分析RNA与蛋白的相互作用及其在基因表达调控中的作用机制。例如,结合RNA pulldown实验与RIP实验相互佐证;结合ChIP-Seq和ChIRP-Seq数据可以揭示RNA与DNA结合蛋白的共定位情况;结合RNA-Seq数据可以分析RNA结合蛋白对基因表达的影响等。