RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因组范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 01 应用方向: 1. 研究细胞内RNA与蛋白结合情况 2. 发现RBP与非编码RNA(LncRNA、...
RIP-Seq：用于构建目的蛋白的RNA互作组数据，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。RIP-qPCR：用于验证目的蛋白和候选RNA的相互作用关系，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。RIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/RNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和RNA测序技术对目的蛋白在特定细胞/组织内...
特别是,USP39促进了HMGA2(high-mobility group AT-hook 2)的有效剪接,从而增加了卵巢癌细胞的恶性程度。 Fig3. 通过RNA-seq和RIP-seq鉴定USP39调控的剪接事件 总之,本研究结果表明,USP39通过提高剪接效率和准确性在HGSOC中发挥致癌因子的作用。本研究还提供了强有力的证据表明USP39与剪接体成分相互作用。特别是,...
RIP-seq 拥有广泛的应用场景,例如:通过针对 AGO2 蛋白的 RIP-seq,可以获取参与 RNA 干扰以及 miRNA 海绵机制的相关 RNA 的信息;通过针对特定 RNA 修饰酶的 RIP-seq,可以知晓该 RNA 修饰酶的靶位点;通过针对特定 RBP(RNA 结合蛋白)的 RIP-seq,可以获知 RBP 结合并调控的靶基因…… 由于其在分子机制研究上的...
RIP-seq通过免疫沉淀目标蛋白捕获蛋白结合RNA,获得RNA结合蛋白在体内结合RNA的动态变化,是研究RNA转录后修饰调控基因表达机制的重要研究工具。近年来,RIP-seq在癌症病理相关分子机制研究中屡建奇功。 下面这篇近期发表在Advanced Science上的...
1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA(例如 miRNA 和 lncRNA)的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。 2. 与CLIP-Seq相比,RIP-SEQ不需要进行UV交联,操作简单,保证结果的可重复性和准确度。 3. 覆盖范围广,可在全基因组范围内筛选和鉴定蛋白质结合位点。
RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析,揭示RNA分子与RBP互作(包括非编码RNA与蛋白互作)。RIP-seq是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调控靶点。 应用领域: 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP互作RNA与靶蛋白相互作用的验证RBP与mRNA...
RIP-Seq是一种研究细胞内蛋白与RNA相互作用的高通量技术。它结合了免疫共沉淀与RNA测序，用于系统性检测和分析特定细胞或组织中目的蛋白的RNA互作组。该技术不仅适用于目的蛋白的RNA互作组数据检测，还适用于不同遗传背景或实验条件下的互作组差异研究。因此，RIP-Seq是探究细胞内蛋白与RNA调控网络的重要...
ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序,在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。 RIP-seq是研究细胞内RNA与...
RIP-seq巧妙地将RNA免疫沉淀(RIP)与二代测序(NGS)结合，旨在探究细胞内RNA与蛋白间的相互作用。它通过特定抗体捕获RNA-蛋白复合物，随后通过富集和纯化，对复合物上的RNA进行测序分析，揭示RNA分子与RBP的交互，包括非编码RNA的参与。该技术在全转录组范围内分析RNA与蛋白的结合情况，是研究转录后调控网络...