RIP-Seq：用于构建目的蛋白的RNA互作组数据，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。RIP-qPCR：用于验证目的蛋白和候选RNA的相互作用关系，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。RIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/RNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和RNA测序技术对目的蛋白在特定细胞/组织内...
特别是,USP39促进了HMGA2(high-mobility group AT-hook 2)的有效剪接,从而增加了卵巢癌细胞的恶性程度。 Fig3. 通过RNA-seq和RIP-seq鉴定USP39调控的剪接事件 总之,本研究结果表明,USP39通过提高剪接效率和准确性在HGSOC中发挥致癌因子的作用。本研究还提供了强有力的证据表明USP39与剪接体成分相互作用。特别是,...
RIP-seq 拥有广泛的应用场景,例如:通过针对 AGO2 蛋白的 RIP-seq,可以获取参与 RNA 干扰以及 miRNA 海绵机制的相关 RNA 的信息;通过针对特定 RNA 修饰酶的 RIP-seq,可以知晓该 RNA 修饰酶的靶位点;通过针对特定 RBP(RNA 结合蛋白)的 RIP-seq,可以获知 RBP 结合并调控的靶基因…… 由于其在分子机制研究上的...
RIP-Seq结合了 RNA 免疫沉淀和高通量测序,其中相互作用的 RNA 通过目标蛋白的免疫沉淀被捕获。 对捕获的 RNA 进行高通量测序有助于了解转录后调控网络的动态过程。 优势 1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA(例如 miRNA 和 lncRNA)的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。 2. 与CLIP-Seq相比,RIP-SEQ不需要进行UV...
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀CHIP技术的类似应用, 蛋白结合对象是RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 说完RIP-SEQ的技术原理,相信各位小伙伴对它也有了大概的了解,那在实际情况中我们该...
RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析,揭示RNA分子与RBP互作(包括非编码RNA与蛋白互作)。RIP-seq是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调控靶点。 应用领域: 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP互作RNA与靶蛋白相互作用的验证RBP与mRNA...
RIP-seq实验证明DKC1结合并促进靶标核糖体蛋白mRNA的稳定性。 作者采用RIP-seq实验来鉴定DKC1的mRNA结合位点,下图A统计了peak在基因不同功能区域的分布占比,大部分在外显子区域;另外,作者通过RIP-seq鉴定了DKC1三个新的motif(下图B);...
ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序,在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。 RIP-seq是研究细胞内RNA与...
RIP和RIP-seq技术简介 RIP是一种基于抗体的技术,用于定位体内的RNA-蛋白质相互作用。将所关注的RNA结合蛋白(RBP)与其结合的RNA一起进行免疫沉淀,通过PCR、芯片或高通量测序的方法,来鉴定结合转录RNA如mRNA、lncRNA、circRNA等。 所以说近几年,随着表观遗传学和RNA生物学领域对不同RNA作用和功能的关注大大增加,RNA...
RIP-Seq是一种研究细胞内蛋白与RNA相互作用的高通量技术。它结合了免疫共沉淀与RNA测序，用于系统性检测和分析特定细胞或组织中目的蛋白的RNA互作组。该技术不仅适用于目的蛋白的RNA互作组数据检测，还适用于不同遗传背景或实验条件下的互作组差异研究。因此，RIP-Seq是探究细胞内蛋白与RNA调控网络的重要...