而RIP技术的原理在于利用化学交联剂（通常为甲醛）将RNA结合蛋白（RBP）与RNA进行交联，从而在交联试剂的作用下“固定”二者之间的相互作用，为后续的纯化与分析提供基础。在RIP技术的基础上，结合二代测序技术（NGS），我们进一步发展出了RIP-seq技术。这一技术能够更深入地研究细胞内RNA与蛋白的相互作用。通过使用目标...
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,蛋白结合对象为RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因组范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 01 应用方向: 1. 研究细胞内RNA与蛋白结合情况 2. 发现RBP与非编码RNA(LncRNA...
其主要原理是利用紫外照射使RNA分子与RNA结合蛋白发生耦联,然后使用特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收其中的RNA片段。经过添加接头、RT-PCR等步骤进行高通量测序,再通过生物信息学的分析和处理,揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。🔍 CLIP-seq的工作原理 CLIP-seq利用紫外照射使RNA分子与RNA结...
RIP/RIP-seq的核心实验步骤详解1）交联技术在RIP-seq的起始阶段，首要任务是使RBP与细胞内的RNA分子进行交联。这一过程通常借助甲醛等化学交联剂来处理细胞，从而确保RBP-RNA的相互作用在后续步骤中得以保留并防止解离。其中，甲醛作为一种小型的双功能交联剂，能够轻松穿透细胞，并与2Å（2nm）距离内的大分子，如...
RIP-seq,全称 RNA Immunoprecipitation Sequencing,该技术从一种已知的蛋白质出发,使用针对该蛋白的特异性抗体将目标蛋白以及与其结合的 RNA 复合物沉淀下来, 进而对富集到的 RNA 进行分离和建库测序,从而揭示 蛋白质-RNA 之间的结合关系。 RIP-seq 拥有广泛的应用场景,例如:通过针对 AGO2 蛋白的 RIP-seq,可以获取...
CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。
一、 RIP -SEQ实验基本原理: 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 防止非特异性的RNA的结合。 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 结合的RNA序列通过高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 原始数据的QC、数据预处理 ...
然后再加入固定在磁珠、能与目的蛋白抗体特异性结合的protein A/G，通过免疫沉淀后得到‘RNA-目的蛋白-目的蛋白抗体-protein A/G-磁珠’复合物，也就是分离出细胞中目的蛋白与RNA的复合物，再进一步将沉淀复合物进行分离纯化，即可得到其中结合的RNA，最后结合qPCR或高通量测序（RIP-seq）等方法来鉴定RNA。
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