RIP-seq,全称 RNA Immunoprecipitation Sequencing,该技术从一种已知的蛋白质出发,使用针对该蛋白的特异性抗体将目标蛋白以及与其结合的 RNA 复合物沉淀下来, 进而对富集到的 RNA 进行分离和建库测序,从而揭示 蛋白质-RNA 之间的结合关系。 RIP-seq 拥有广泛的应用场景,例如:通过针对 AGO2 蛋白的 RIP-seq,可以获取...
通过免疫沉淀后得到‘RNA-目的蛋白-目的蛋白抗体-protein A/G-磁珠’复合物，也就是分离出细胞中目的蛋白与RNA的复合物，再进一步将沉淀复合物进行分离纯化，即可得到其中结合的RNA，最后结合qPCR或高通量测序（RIP-seq）等方法来鉴定RNA。
一、 RIP -SEQ实验基本原理: 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 防止非特异性的RNA的结合。 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 结合的RNA序列通过高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 原始数据的QC、数据预处理 RIP-seq 分析 1) 将reads比对到基因组:将预处理reads...
RIP技术原理 RIP的实验原理和CHIP类似，是利用某一蛋白的抗体，将目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，经过分离纯化就可以捕获和目标蛋白互作的RNA分子，再对捕获的RNA进行定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来进行鉴定。RIP实验当前已经衍生出很多方法，可以主要分为两大类，自然沉淀法（Native methods...
rip-seq实验原理 ChIP-seq实验原理ChIP-seq是一种用于研究DNA-蛋白相互作用的实验技术,由“Chromatin Immunoprecipitation-sequencing”(ChIP-seq)组成。它利用特异性的免疫沉淀来捕获蛋白质与DNA的相互作用,可用于确定蛋白质结合的基因组位点。ChIP-seq技术结合了免疫沉淀和高通量测序技术,使得它可以实现对整个基因组范围...
RIP 实验基本原理: 1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 2. 防止非特异性的RNA的结合。 3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 4.结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 延伸阅读:95%的人类基因组并不编码基因...
CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。
seq检测结果 检测和分析报告 9周 RNA免疫共沉淀RIP * 样本要求 样本类型 RIP-qPCR 建议送样量 RIP-seq 建议送样量 动物细胞 3*10e7个细胞/组(约3个10cm皿) 5*10e7个细胞/组(约5个10cm皿) 动物组织 1g/组 2g/组 植物叶片 2g/组 4g/组 植物根或果实 4g/组 8g/组 菌体 50ul菌体沉淀/组 100ul...
RIP 实验基本原理: • 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白 • 防止非特异性的RNA的结合 • 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来 • 结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或 高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定 ...
图1 RIP seq原理 技术特点 全转录组覆盖:与RIP芯片相比,可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定 高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究转录组上稀有的蛋白结合位点 高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点 ...