Ribo-seq与蛋白组联合分析 诺禾致源作为表观测序主力公司,多年来累积Ribo-seq项目经验1000+个,其中消化样本数量10000+例,打造上千种不同样本类型的经验数据库。 常见FAQ Q1:翻译组测序和转录组测序关联,可以获得什么样的预期分析结果? A1:翻译组与转录组联合用于分析TE(翻译效率)【Ribo-seq表达量/转录组表达量】...
这些数据揭示了脂肪细胞MPs数据库在识别MPs在基本代谢和生理过程中的重要价值。 研究人员首先利用Ribo-seq在原代棕色、米色和白色三种脂肪细胞中识别出3877个未注释的smORFs,并对其进行分类,其中,占据最大数量的类别为ORFs上游的1816个uORF...
Ribo-seq作为一种高分辨率和高通量的技术,为理解RNA调控机制提供了新的视角,并在疾病研究中展现出巨大的潜力。随着技术的进步和数据库的改进,Ribo-seq有望成为诊断和治疗多种疾病的重要工具。 表1 通过Ribo-seq技术在几种疾病中的发现 4、Ribo-seq研究中去除rRNA的意义 核糖体RNA (rRNA) 占总RNA的80-98%,在R...
Ribo-seq作为一种高分辨率和高通量的技术,为理解RNA调控机制提供了新的视角,并在疾病研究中展现出巨大的潜力。随着技术的进步和数据库的改进,Ribo-seq有望成为诊断和治疗多种疾病的重要工具。 表1 通过Ribo-seq技术在几种疾病中的发现 4、Ribo-seq研究中去除rRNA的意义 核糖体RNA (rRNA) 占总RNA的80-98%,在R...
根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,RNA-seq双端100bp,Ribo-seq单端50bp,两种方式各三个生物学重复。 原始文件 module load sratoolkit/2.9.6 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载原始测序数据,ncbi,GSE124962,路径~/ncbi/public/sra/ ...
当前,翻译组学的两大主要研究手段是为正在翻译中的mRNA测序(RNC-seq)和核糖体印记测序(Ribo-seq),然而这两种实验方法都极其困难,成本也十分高昂,鲜有完整的翻译组学数据可供科研人员参考。 虽然此前也存在少数Ribo-seq数据库,但其并不包含RNC-seq数据,也不包含所对应的mRNA-seq数据,因此十分局限。例如,Ribo-seq...
RDP数据库中下载细菌16S rRNA序列,挑出1400 nt以上的全长序列进行比对。比对后的序列通过限制性内切酶使用python脚本in silico进行消化(digested)。挑出可用的内切酶要满足三个条件: 1. 超过一半的序列可以被消化; 2. 只有一个识别位点,且离16S任意一个可变区很近; ...
首先,作者鉴定了心脏特异性lncRNA。在人和小鼠的多组织RNA测序数据库中,筛选心脏表达明显高于其他组织的lncRNA。结果共筛选到了5条候选lncRNA(图1A-C)。 接着,作者研究了这5个候选lncRNA与核糖体的关联。对hESC-CMs细胞进行Polysome profiling分析和RNA-seq。5个候选lncRNA中有4个可以在多聚体中检测到。其中,...
1.作者从 RPFdb 数据库下载了人类与拟南芥的核糖体数据集,并用 CIRCPedia 与 PlantcircBase 所有 circRNA 作为 CircCode 的输入,最后识别到了大量可翻译的 circRNAs(人类 3610 个,拟南芥 1569个)。 2.父基因功能富集分析表面它们参与了蛋白质加工等生物学过程。
南京沃博生物科技有限公司是一家专注于生命科学和生物技术领域,致力于为客户提供一系列高质量和有绝对价格竞争力的产品,包括分子生物学、免疫学、生物化学和细胞生物学相关的试剂、试剂盒,并提供一系列相关的技术服务。公司产品质量可靠,服务周到,售后有保障。本公司产品仅限科研使用。