Ribo-seq与蛋白组联合分析 诺禾致源作为表观测序主力公司,多年来累积Ribo-seq项目经验1000+个,其中消化样本数量10000+例,打造上千种不同样本类型的经验数据库。 常见FAQ Q1:翻译组测序和转录组测序关联,可以获得什么样的预期分析结果? A1:翻译组与转录组联合用于分析TE(翻译效率)【Ribo-seq表达量/转录组表达量】...
这些数据揭示了脂肪细胞MPs数据库在识别MPs在基本代谢和生理过程中的重要价值。 研究人员首先利用Ribo-seq在原代棕色、米色和白色三种脂肪细胞中识别出3877个未注释的smORFs,并对其进行分类,其中,占据最大数量的类别为ORFs上游的1816个uORF...
已有文献报道,DRG1结合于核糖体上,可以通过抑制核糖体停顿促进翻译。通过分析Ribo-seq数据发现,心肌肥厚过程中,MYH7基因的翻译存在明显的核糖体停顿过程,提示核糖体停顿很可能参与了心肌肥厚的发生和发展。 为了直接检测DRG1在翻译过程中的功能,作者在HL-1心肌细胞中敲低DRG1后观察到蛋白翻译减少(图6G和6H)。DRG1敲...
Ribo-seq作为一种高分辨率和高通量的技术,为理解RNA调控机制提供了新的视角,并在疾病研究中展现出巨大的潜力。随着技术的进步和数据库的改进,Ribo-seq有望成为诊断和治疗多种疾病的重要工具。 表1 通过Ribo-seq技术在几种疾病中的发现 4、Ribo-seq研究中去除rRNA的意义 核糖体RNA (rRNA) 占总RNA的80-98%,在R...
Ribo-seq研究思路参考 1.实验技术干货 2.蛋白质组学研究 3.腺病毒简介及应用 4.临床基础研究思路解析 5.组织特异性腺相关病毒 6.单细胞测序 7.慢病毒实验操作指南 8.悬浮细胞专用病毒 9.靶点设计/数据库教程 10.测序技术研究与应用 11.非编码RNA研究技术与应用 ...
根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,RNA-seq双端100bp,Ribo-seq单端50bp,两种方式各三个生物学重复。 原始文件 module load sratoolkit/2.9.6 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载原始测序数据,ncbi,GSE124962,路径~/ncbi/public/sra/ ...
当前,翻译组学的两大主要研究手段是为正在翻译中的mRNA测序(RNC-seq)和核糖体印记测序(Ribo-seq),然而这两种实验方法都极其困难,成本也十分高昂,鲜有完整的翻译组学数据可供科研人员参考。 虽然此前也存在少数Ribo-seq数据库,但其并不包含RNC-seq数据,也不包含所对应的mRNA-seq数据,因此十分局限。例如,Ribo-seq...
Ribo-seq作为一种高分辨率和高通量的技术,为理解RNA调控机制提供了新的视角,并在疾病研究中展现出巨大的潜力。随着技术的进步和数据库的改进,Ribo-seq有望成为诊断和治疗多种疾病的重要工具。 表1 通过Ribo-seq技术在几种疾病中的发现 4、Ribo-seq研究中去除rRNA的意义 ...
16S rRNA扩增子分析和宏基因组测序是研究微生物群落的两种主要的独立方法。近年来,许多研究将这两种方法结合起来使用,但下游的数据分析是分开进行的,在分类和功能上总是产生不一致或冲突的结果。 本文介绍了一种核糖体RNA基因测区域测序的新方法RiboFR-Seq,同时捕获核糖体RNA可变区及其侧翼的蛋白编码基因。
翻译组测序(Ribo-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。 Ribo-seq是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻...