根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,RNA-seq双端100bp,Ribo-seq单端50bp,两种方式各三个生物学重复。 原始文件 module load sratoolkit/2.9.6 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载原始测序数据,ncbi,GSE124962,路径~/ncbi/public/sra/ for i in SRR*;do fastq-dump --split-3 $i #RNAseq...
作者对心肌细胞进行核糖体测序(Ribo-seq)。分析显示,在TAC术后2天开始,Cardinal上核糖体信号增加,并在2周时达到峰值(图3I)。RNA-seq显示总体Cardinal水平在TAC后3小时开始升高,并在2天达到峰值(图3I)。 这些数据表明,在心脏肥厚过程中,CARDINAL的转录水平及其与核糖体的关联是动态调节的。 4 CARDINAL缺失加重了压...
为了揭示植物在干旱胁迫下的翻译情况,我们对正常和干旱条件下生长的玉米幼苗进行了Ribo-seq测序。对Ribo-seq数据和RNA-seq数据的比较分析表明,在转录水平上,基因表达的倍性变化与翻译水平的变化呈中度相关(R2=0.69)。然而,在干旱条件下,只有不到一半的响应基因被转录和翻译所共享,这表明干旱胁迫可以独立地引起转录和...
目前Ribo-seq建库测序的原理主要是通过对细胞使用翻译抑制剂，使正在翻译的核糖体固定在mRNA序列或者起始位点上。裂解细胞后在细胞裂解液中加入RNase，消化不受核糖体保护的mRNA，分离单一核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA，进行建库测序和相应的数据分析。具体实验原理和主要分析内容如下：1 Rib...
表观生物实测数据 图1. RiboLace Ribo-seq 比对到基因组的 read 的长度分布情况 图2. P-site 信号在 5'UTR、CDS、3'UTR 区间的分布 图3. RiboLace 呈现典型的周期性 3-nt 分布 图4. 不同密码子使用频率分析 案例分析 Nat Commun:单细胞转录组和翻译组学跨组学联合揭示人卵母细胞成熟的潜在机制[1] ...
Ribo_seq数据分析软件是由天津诺禾致源科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0991999,属于分类,想要查询更多关于Ribo_seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
Ribosome profiling(Ribo-seq)是一种可以在全基因组水平上监测蛋白质翻译水平的高通量测序方法,给研究细胞内蛋白质的翻译调控机制带来了新的可能。但Ribo-seq的数据并不是仅限于进行蛋白质翻译效率的评估。Ribo-seq同样可以用于进行RNA结合蛋白保护的RNA片段的鉴定。今天要分析的这项研究就是基于Ribo-seq数据开发了Rfo...
Ribo-seq部分分析介绍 1、P-site分析 翻译过程中，核糖体相对于RNA以密码子长度（3 nt）为单位移动。
在分析过程中，我们利用了不同片段长度下frame0、frame1、frame2的RPFs比对密码子分布，以展示核糖体在RNA上的移动特征。这不仅有助于我们理解翻译过程中的暂停和延伸现象，也为未来更多动力学分析条目的更新奠定了基础。作为Ribo-seq项目的执行者，诺禾致源积累了丰富的经验和专业知识，为科研工作者提供...
在实际应用中,SP-ribo-seq-Pools试剂盒已被证明能够显著提高Ribo-seq实验中目标mRNA的检测灵敏度,减少假阳性数据的产生,从而提高研究的成功率和效率。因此,可以说SP-ribo-seq-Pools试剂盒是Ribo-seq技术的好帮手,为科研人员提供了一套科学、高效、可靠的rRNA去除方案。