研究首先对正常处理和elf18诱导免疫处理的拟南芥样本进行RNA-seq和Ribo-seq测序。综合RNA-seq数据和Ribo-seq数据,对检测到的25,554个可表达的转录物进行分析,筛选得到13,051个mAUGs上游5’UTR含有uAUGs的可表达转录物(含有uAUGs)。对比正常处理和elf18处理样本的翻译效率(TE),将这13,051个转录物分为TE-up、TE-...
研究首先对正常处理和elf18诱导免疫处理的拟南芥样本进行RNA-seq和Ribo-seq测序。综合RNA-seq数据和Ribo-seq数据,对检测到的25,554个可表达的转录物进行分析,筛选得到13,051个mAUGs上游5’UTR含有uAUGs的可表达转录物(含有uAUGs)。对比正常处理和elf18处理样本的翻译效率(TE),将这13,051个转录物分为TE-up、TE-...
研究首先对正常处理和elf18诱导免疫处理的拟南芥样本进行RNA-seq和Ribo-seq测序。综合RNA-seq数据和Ribo-seq数据,对检测到的25,554个可表达的转录物进行分析,筛选得到13,051个mAUGs上游5’UTR含有uAUGs的可表达转录物(含有uAUGs)。对比正常处理和elf18处理样本的翻译效率(TE),将这13,051个转录物分为TE-up、TE-...
现在Ribo-seq得到SRR8434774_trim.fastq.gz,SRR8434775_trim.fastq.gz,SRR8434776_trim.fastq.gz,三个文件。 作者用番茄SL2.5的参考基因组和ITAG2.4去掉了测序中的rRNA,tRNA,snRNA等等,用SL3参考基因组ITAG3.2版本注释去出数据中基因组重复序列。将SL2.5和ITAG2.4中对ncRNA的注释下载下来,根据注释提取序列,并且建bow...
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...
RNA测序(RNA-seq)已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展,RNA-seq也在发展。 目前,RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面,包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现,RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学,本文解读...
图5. 叶绿体基因的RNA-seq和Ribo-seq分析 案例6:转录组+翻译组分析分泌型微肽C4orf48通过RNA结合机制增强肾纤维化 英文标题:The secreted micropeptide C4orf48 enhances renal fibrosis via an RNA-binding mechanism 发表期刊:Journal Of Clinical Investigation ...
RNA-seq技术的进步 在NCBI Short Read Archive (SRA)数据共享平台中多于95%的数据来自于Illumina short-read测序技术(表2)。目前几乎所有已发布的mRNA-seq数据都是short-read测序所得,所以我们认为这是RNA-seq技术的常规操作,接下来讨论它的主要流程和限制。不过在转录异构体检测的研究(图一;表1)方面,不断进步的...
每个样本平均测20-30 millionreads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的...
每个样本平均测20-30 millionreads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶...