三、Ribo-seq分析内容 1.翻译起始位点的精细定位: (1) 确定mRNA上的翻译起始位点(TSS)的精确位置。 (2) 识别非传统的翻译起始位点,如非AUG起始密码子。 2.翻译效率分析: (1) 计算不同mRNA或不同条件下的翻译效率。 (2) 分析翻译效率的变化及其与转录水平的关系。 3.编码潜在蛋白质的鉴定: (1) 发现新...
Nucleic Acids Research, 2018, Vol. 46 Ribo-seq 实验流程 一、消化组织/细胞,加入放线菌酮处理(主要是固定RNA-ribosome复合物); 二、使用RNA酶消化没有被核糖体保护的RNA; 三、富集被核糖体保护的正在翻译的RNA片段(ribosome footprints, RFs),30nt左右,哺乳动物大约28nt; 四、去除蛋白,去除rRNA; 五、建库+...
1、提取total RNA 2、用核糖核酸酶进行消化 3、消化蛋白 4、获取被核糖体保护的RNA 5、建库测序 三、RNc-seq VS Ribo-seq 目前翻译组研究中主要存在两种技术,分别为 RNC-seq与 Ribo-seq。二者之间区别主要在于 RNC-seq 目标是全长翻译中的mRNA 测序,而 Ribo-seq 是把 mRNA 中被核糖体包裹的所有片段获取下...
1.从实验流程看来,scRibo-seq主要是引入单细胞分选,然后进行核糖体保护RNA的分离与文库构建。在传统Ribo-seq中需要进行rRNA的去除与核糖体保护RNA的PAGE纯化,以尽可能富集核糖体保护的mRNA片段。而在scRibo-seq中并没有rRNA除去的步骤,对片段大小的选择也是在最后的文库构建完成后进行的。而从最终获得的结果来看,scRib...
实验流程包括从原始数据过滤与测序质量评估，到测序饱和度分析、ORF在基因组上的分布统计，以及翻译基因统计与表达量分析等，提供全面深入的分析内容。通过与RNA-seq的联合分析，能够计算翻译效率、分析Ribo-seq与RNA-seq的相关性，以及探究翻译效率与转录水平的关联，为研究者提供全面的翻译调控信息。Ribo-...
实验流程 样本类型 1.细胞:数量≥1x107 2.组织:质量≥150mg 细胞样本需要用Cycloheximide (吉凯基因提供)进行预处理,再液氮速冻寄送; 组织样本也需要用含Cycloheximide的PBS清洗再液氮速冻,实在没有,可以直接速冻,做过实验比较有效; 不要加Trizol或RNA later,不需要抽提total RNA,转录组测序和Ribo-seq分开不同的处...
Ribo-seq与RNA-seq的联合分析 (1)翻译效率计算 (2)翻译效率与转录水平的关系分析 (3)翻译效率与转录水平的关联分析 分析流程 实验案例 送样要求 (1)细胞样本:建议送样量5×106-1×107个。 (2)动物组织样本:建议送样量≥300 mg。 (3)植物组织样本:建议送样量≥500 mg。
常规翻译组(Ribo-seq)可通过高通量测序技术对正处于翻译状态的mRNA进行研究,可以间接反应蛋白质的表达水平。活跃翻译组(Active Ribo-seq) RiboLace技术是利用一种能结合处于翻译活性状态核糖体结合的嘌呤霉素的类似物3P,并通过pull down 分离活跃状态的核糖体,但不会分离翻译停滞状态的核糖体。活跃翻译组可以用于研究细...
A2:用于Ribo-seq测序的目标RNA片段约为30bp左右,不同物种及样本处理会导致目标片段稍有变化,一般为26-32nt。在多数文献中,为26-32nt的mRNA片段富集, 但是已有文献研究表明,在tRNA缺乏的情况下,有可能导致核糖体复合物A位点的空置,该状态富集的mRNA片段约为21-24nt。我们在进行后续翻译状态研究时,可根据实验目的...
42024-11-26常规的ONT-seq数据分析流程软件-2024SR1903866V1.0 52023-03-13单细胞机制生物信息学分析软件-2023SR0316556V1.0 1 2 > 该软件著作权人信息 武汉瑞兴 武汉瑞兴生物科技有限公司 成立日期:2021-05-12 法定代表人:曾辉 统一社会信用代码:91420100MA49RC5JX0 ...