三、Ribo-seq分析内容 1.翻译起始位点的精细定位: (1) 确定mRNA上的翻译起始位点(TSS)的精确位置。 (2) 识别非传统的翻译起始位点,如非AUG起始密码子。 2.翻译效率分析: (1) 计算不同mRNA或不同条件下的翻译效率。 (2) 分析翻译效率的变化及其与转录水平的关系。 3.编码潜在蛋白质的鉴定: (1) 发现新...
例如,Ribo-seq并不适合指导蛋白质组的研究。 此外,目前已存在的各种组学数据库,基本不具备数据分析功能,而一般的生物学或医学工作者根本没有能力去分析海量的测序数据。好不容易找到了几个不同研究中的数据,却发现他们的分析流程完全不同,数据没法整合分析。 Translatome DB Translatome DB是目前最全的翻译组学数...
实验流程包括从原始数据过滤与测序质量评估，到测序饱和度分析、ORF在基因组上的分布统计，以及翻译基因统计与表达量分析等，提供全面深入的分析内容。通过与RNA-seq的联合分析，能够计算翻译效率、分析Ribo-seq与RNA-seq的相关性，以及探究翻译效率与转录水平的关联，为研究者提供全面的翻译调控信息。Ribo-se...
3. mRNA 差异表达分析 4. lncRNA 差异表达分析 5. 差异基因 GO 分析 6. 差异基因 KEGG 分析 7. circRNA 差异表达分析 表观生物实测数据 图1. RiboLace Ribo-seq 比对到基因组的 read 的长度分布情况 图2. P-site 信号在 5'UTR、CDS、3'UTR 区间的分布 图3. RiboLace 呈现典型的周期性 3-nt 分布 ...
软件名称Ribo-seq数据分析流程软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2021SR1959348分类号- 著作权人武汉瑞兴生物科技有限公司首次发表日期- 登记日期2021-12-01 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-11-27常规的ATAC-Seq数据分析流程软件-2024SR1907431V1.0 ...
在分析过程中，我们利用了不同片段长度下frame0、frame1、frame2的RPFs比对密码子分布，以展示核糖体在RNA上的移动特征。这不仅有助于我们理解翻译过程中的暂停和延伸现象，也为未来更多动力学分析条目的更新奠定了基础。作为Ribo-seq项目的执行者，诺禾致源积累了丰富的经验和专业知识，为科研工作者提供...
1.一种构建Ribo‑seq测序文库的方法,其包括以下步骤:(1)提取待测样品的核糖体新生肽链复合物;(2)对步骤(1)中得到的核糖体新生肽链复合物进行处理,得到核糖体包裹的mRNA片段;(3)对步骤(2)得到的核糖体包裹的mRNA片段进行文库构建。 【技术特征摘要】 1.一种构建Ribo-seq测序文库的方法,其包括以下步骤:(1)...
Ribo-Seq(30nt片段),优化不易去除区域探针密度,rRNA去除效率约75% *不同实验方案间有一定差异 riboPOOL的rRNA去除效率高约10% 两种试剂的可重复性相当 原核通用型(细菌/古生菌) 覆盖广泛的原核生物(细菌/古生菌),适合微生物培养物、宏基因组、微生物组群分析 ...
riboPOOL核糖体RNA去除方案,适合任意物种,去除效率高且效果稳定,广泛应用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等领域,在欧洲广受好评。 riboPOOL由精心设计的生物素标记的DNA探针混合物构成,保证RNA完整的前提下,比Ribo-Zero(Illumina)多去除约10%的rRNA。
简单稳定的工作流程—无酶促反应和机械剪切步骤; 可以与任何RNA-seq文库构建试剂盒无缝对接 (包括Lexogen公司的CORALL Total RNA-Seq); NEW V1.3! 流程更快:1.5小时内即可完成rRNA去除(包括20 min的手动操作时间)。 工作流程 亲和探针和总RNA (1 ng – 1 μg)一起混合并变性,促进探针结合靶标序列。然后,在...