“Database”可以选择引物特异性检测的数据库。一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库,可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。 ①Refseq mRNA:包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况; ②Refseq representative genomes:以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的...
C:表示完整的基因组分子序列,分子类型基因组; G:表示不完整的基因组区域,分子类型基因组; M:表示成熟的转录本序列,分子类型mRNA; P:表示蛋白产物的氨基酸序列,分子类型蛋白; R:表示非编码的转录子序列,分子类型RNA; T/W/Z:表示未完全注释的测序序列,分子类型基因; 2.3 常见的组合含义: NC_: 完整的基因组序...
RefSeq数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据,包括染色体、基因组(细胞器、病毒、质粒)、蛋白、RNA等。RefSeq数据库被设计成每个人类位点挑出一个代表序列来减少重复,是NCBI提供的校正的序列数据和相关的信息。数据库包括构建的基因组contig、mRNA、蛋白和整个染色体。refseq序列是NCBI筛选过的非冗余数据...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(...
根据经验,如果想找标准序列,mRNA就采用NM_开头的,基因组用NC_或者AC_开头的。NR_表示不编码的RNA或假基因序列,AF开头的表示克隆序列,BC开头的表示模板序列。RefSeq一般的命名格式:前缀为两个字母,然后下横线(’_’)。区别于其它的GenBank的命名格式。
由于一些序列来自异常连接产生的转录物或由计算机推演产生的不正确内含子-外显子剪切,因此该数据库所收集的参考序列一直在不断地被修改中,尽管如此,NCBI RefSeq 仍是目前最可信赖的人类基因mRNA序列数据库。 一、命名 RefSeq一般的命名格式:前缀为两个字母,然后下横线('_')。区别于其它的GenBank的命名格式。
RefSeq,即Reference Sequence,是一个由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发并维护的基因和蛋白质参考序列数据库。
回过头来继续说注释文件。简单来讲注释文件就是基因组的说明书,告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因,哪些是非编码基因,外显子、内含子、UTR等的位置等等。注释文件在以上三个提供参考基因组的网站中都有提供,比如Ensemble。但是现在最权威的人类和小鼠基因组的注释还属Gencode数据库。
而RefSeq数据库被设计成每个人类位点挑出一个代表序列来减少重复,是NCBI提供的校正的序列数据和相关的信息。数据库包括构建的基因组contig、mRNA、蛋白和整个染色体。refseq序列是NCBI筛选过的非冗余数据库,一般可信度比较高。 refseq的ID 大全 NM开头的表示标准序列,XM表示预测的蛋白编码序列,NR_表示非编码蛋白的mRNA序...
GenBank是一个序列的存储池,RefSeq数据库将是一个参考序列的非冗余集合,包括构建的基因组contig,mRNA,蛋白,和,在未来,整个染色体。RefSeq记录是有三种可以获得的状态:预测的,临时的和检查过的。检查过的记录代表了我们目前关于一个基因和它的转录子的知识的汇编。在检查的过程中,我们整合了更多的信息,只要是可以...