一:使用Excel拆分单元格功能 数据--分列--分隔符--下一步--其他中输入:/,连续分隔符号视为单个处理选项前√--下一步--完成(图2),结果另存为csv格式 二:通过上述操作,得到了RefSeq号,即STOP_ID.1,下面就是根据RefSeq号,匹配得到Genesymbol和geneID,注意:此处的STOP_ID.1可以有不同的名字,但处理原则一样,...
统计得出gtf里的34153个symbol,有11290是在HGNC里找不到名字的,其中1162个是alias,可见gene symbol的历史复杂性,想统一是何其的难。 下载最新的HGNC symbol,以及对应的ENSG ID,https://www.genenames.org/download/custom/。 Transcript ID isoform ENST 现有的ID都是已知的,由于技术的更新,这部分会飞速更新。 Pr...
格式说明: gi :”GenBank Identifier的缩写”, 是序列的ID号,标识符。唯一的。 4557284 就是该序列的gi号 ref :标示该序列是参考序列。 NM_000646.1 该序列的Accession号和版本号 在BLAST结果中, Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value gi|6226959|ref|NM_000014.3| Homo sapiens al...
Label 可以根据自己的需要显示gene symbol, accession, **OMIM ID List subtracks 中有了更多细节上的设置,这些设置实际上是根据RefSeq对基因注释的程度进行的分级。 RefSeq All 包含了所有 curated(仔细挑选) and predicted(预测的)的基因 NM_* 表示curated 编码蛋白的转录本,同理NR表示非编码转录本,NP表示蛋白...
关于RefSeq：NCBI参考序列 关于RefSe q：NCBI参考序列 NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mR NA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发现提...
gi :”GenBank Identifier的缩写”, 是序列的ID号,标识符。唯一的。 4557284 就是该序列的gi号 ref :标示该序列是参考序列。 NM_000646.1 该序列的Accession号和版本号 3.4 预测的,临时的,和检查过的RefSeq记录有什么区别? RefSeq记录是有三种可以获得的状态:预测的,临时的和检查过的(reviewd)。
注释有很多版本,比如ensembl,gencode, ucsc known gene, NCBI的RefSeqGene。最近就需要NM id的注释,但NCBI提供的是gff3格式的,而且很乱。用UCSC table browser下载的gtf版本的RefSeq,没有转录本和基因之间的关系,也没有基因symbol。 比如Ensembl,其实Ensembl的gtf挺好用的,不过这次我因为需要NM编号的注释(笨方法是将...
gi :"GenBank Identifier的缩写", 是序列的ID号,标识符。唯一的。 4557284 就是该序列的gi号 ref :标示该序列是参考序列。 NM_000646.1 该序列的Accession号和版本号 在BLAST结果中, Score ESequences producing significant alignments: (bits) Value gi|6226959|ref|NM_000014.3| Homo sapiens alpha-2-macrogl...
Gene symbol 这部分极其麻烦,急需统一。 给基因取名字是比较随意的事情,导致一个基因在历史上有很多Aliases [ˈeɪliəs] https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TASOR2 在gtf文件里这个基因叫FAM208B,在VEP注释结果里这个基因叫TASOR2,他们的ENSG ID都是ENSG00000108021【无意发现VEP的symb...