则指的是GWAS关联检测中的reference allele (non-risk 或者 non-effect),也就是效应量beta(或odds ratio)估计时的参考,概念上与上述ref与alt的组合无关,但为了保持统一性,近年来研究中关联检验的reference 也会与 reference genome保持一致,以避免混淆等。
alternative (alt) allele是effect allele reference (ref) allele是other allele
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息? 当两个vcf文件合并,位置(CHR+POS)相同...
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息? 当两个vcf文件合并,位置(CHR+POS)相同...
因此当转化vcf格式时,REF和ALT是按照等位基因频率来进行分配的,部分位点的REF和ALT可能发生调换,即便是使用--keep-allele-order参数也是无用的。 这也是为什么我建议大家简化vcf信息时,不要使用plink和vcf来回转化的方式,而是直接使用bcftools,详见往期推文:如何快速简化vcf信息?
alt.remove(not_seen.pop())iflen(alt) >1: alt = [alt[0]] alleles = [ref] + altiflen(genotype) ==1: genotype = [genotype[0]] *2alt =",".join(alt)or"."if"D"ingenotypeor"I"ingenotype: max_allele = max((len(x), x)forxinalleles)[1] ...
上海玉博生物科技有限公司 主要致力于“Anti-APEX1/Ref-1(redoxfactor-1) 氧化还原因子1抗体 yb-1406R”的生产销售。多年的“Anti-APEX1/Ref-1(redoxfactor-1) 氧化还原因子1抗体 yb-1406R”生产与销售的经验,与各行业新老用户建立了稳定的合作关系,我公司经营的产品名
它是这些词的假设来源或其存在的证据:希腊语 aldaino "使生长,增强", althein、althainein "恢复健康"; 拉丁语 alere "喂养,滋养,哺乳; 抚养,增加", altus "高",字面意思是“长高的”, almus "滋养的,滋养品", alumnus "养子,继子"; 哥特语 alþeis 、荷兰语 oud,德语 alt "老的"; 哥特语 alan...
}if(!g.isHomRef()) {//get alternate allele for each samplefinalAllele a1 = g.getAllele(0);finalAllele a2 = g.getAllele(1);finalint[] idxVector = vc.getGLIndecesOfAlternateAllele(a2.isNonReference() ? a2 : a1); idxAA = idxVector[0]; ...
2023-08-25plink使用问题:维持原有ref和alt位置 在plink用默认参数进行数据过滤和分析时,有时会更改一些snp的ref和alt位置,好像是自动把优势等位定义为ref? 这个诡异的操作,会影响分析结果,及优势等位分析,及连锁分析。有一个参数--keep-allele-order可以维持原来形态不变。