library(Seurat) scRNA.data <- Read10X(data.dir = "GSE182227") 得到的报错是,选择了未定义的列。 小编仔细对比了10X自带的demo数据的格式和这套数据的格式,发现问题在于genes.tsv这个文件存在差异。 10X官网下载的数据,genes.tsv文件的内容有两列,第一列为Ensembl gene ID,第二列为gene symbol 而GEO...
说明在创建seurat对象的时候features信息自动读取的是第二列。 使用Read10X函数,可以直接读取三个文件,比如 pbmc.data <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/") 去看Read10X这个函数,同样会注意到gene.column这里默认是2,再次说明读取的是features.tsv这个文件的第二列。 这里...
read10x函数是Seurat包中的一个重要函数,用于读取10x Genomics格式的单细胞测序数据。下面我将根据你的提示,分点回答你的问题,并包含必要的代码片段。 1. 了解Seurat包和read10x函数的基本信息 Seurat包提供了一系列工具和函数,用于单细胞RNA测序数据的处理、分析和可视化。read10x函数专门用于读取10x Genomics生成的....
首先可能是历史遗留问题,第一个写教程的人使用了Read10X读取3个文件,后面就都懒得修改了。 另外一个原因是,h5文件不方便肉眼看,起码上面的3个文件,我们可以打开看看内容形式。
通过仔细对比并分析，发现错误根源在于两个数据集在genes.tsv文件的列结构上的差异。为了解决此问题，查阅了Read10X函数的文档，发现可以通过设置参数gene.column来控制从genes.tsv或者features.tsv文件中提取基因名称的列。默认值为2，表示从第二列提取。在实际应用中，GEO下载的数据集只有一列gene symbol，...
用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz,如下 报错后检查文件,存在barcodes文件,如下 后面发现是因为Read10X函数期望读入的是通过早期版本的10X Genomics Cell Ranger软件(<3.0)处理的scRNA序列的文件名(barcodes.tsv,genes.tsv,matrix.mtx),我把features....
Unfortunately, when I tried to read these data by Read10× function in R, I got the following error message; Read10X(data.dir = "~") error: Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz Where do you see the problems? list.files("~") shows the following , so I suppose matirx data...
Documentation R edgeR read10X read10X Read 10X Genomics FilesDescription Reads 10X Genomics files containing single-cell RNA-seq UMI counts in Matrix Market format. Usage read10X(mtx = NULL, genes = NULL, barcodes = NULL, path = ".", DGEList = TRUE)...
Hi, I have seen most examples that use Read10X(dir.data=folder_path) where the folder_path contains three files barcodes.tsv, features.tsv, matrix.mtx But my downloaded files are like GSM4138110_HNSCC_1_PBMC_barcodes.tsv GSM4138110_HNSCC...
(x) a=Read10X_h5( x ) a[1:4,1:4] library(stringr) (p=str_split(x,'_',simplify = T)[,2]) sce <- CreateSeuratObject( a ,project = p ) sce }) setwd('../') pro='integrated' # 如果是 28个10X的单细胞转录组样品,走下面的流程会很勉强 for (i in 1:length(sceList)) {...