使用Read10X函数,可以直接读取三个文件,比如 pbmc.data <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/") 去看Read10X这个函数,同样会注意到gene.column这里默认是2,再次说明读取的是features.tsv这个文件的第二列。 这里要回顾一下cellranger(我目前是v7,提到版本是如果是很早的版本...
发现并不是常规的一个样本由barcode, genes ,matrix 三个文件构成的数据形式,因为通常读取10x数据需要三个文件:barcodes.tsv, genes.tsv, matrix.mtx,而这个文章的数据是一个样本被整合成了一个H5文件。如下所示: GSM4411701_ca02_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 10.7 Mb GSM4411702_ca07_filtered_gene_bc_...
用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz,如下 报错后检查文件,存在barcodes文件,如下 后面发现是因为Read10X函数期望读入的是通过早期版本的10X Genomics Cell Ranger软件(<3.0)处理的scRNA序列的文件名(barcodes.tsv,genes.tsv,matrix.mtx),我把features.t...
a=Read10X_h5( x ) a[1:4,1:4]library(stringr) (p=str_split(x,'_',simplify =T)[,2]) sce <- CreateSeuratObject( a ,project = p ) sce }) setwd('../') pro='integrated'# 如果是 28个10X的单细胞转录组样品,走下面的流程会很勉强for(iin1:length(sceList)) { sceList[[i]] <...
sceList=lapply(fs,function(x){# x=fs[1]print(x)a=Read10X_h5(x)a[1:4,1:4]library(stringr)(p=str_split(x,'_',simplify=T)[,2])sce<-CreateSeuratObject(a,project=p)sce})setwd('../')pro='integrated'# 如果是28个10X的单细胞转录组样品,走下面的流程会很勉强for(iin1:length(sceLi...
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