lammps提供3种定义原子方式: 通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入,这些文件可以包含分子拓扑结构信息,这一方法在续算上也很有用。 按照晶格的方式创建原子,这种方式不包含分子拓扑信息,可能会用到如下的一些命令:lattice, region, create_box, create_atoms。 对已经设置好的原子可以用replicate命令...
restart命令是lammps提供的重启动命令。比如驰豫各个计算都要用，可以先单独驰豫一下，生成restart文件，供...
ReadRestart(class LAMMPS *); void command(int, char **); private: int me,nprocs,nprocs_file,multiproc_file; FILE *fp; int multiproc; // 0 = proc 0 writes for all // else # of procs writing files // MPI-IO values int mpiioflag; // 1 for MPIIO output, else 0 class Restart...
restart 100000 ag.restALLt dump 1 AG custom 10000 ag.lammpstrj id type x y z vx vy vz ...
windows和linux的运行LAMMPSread_restart command windows运行linux环境,问:我看了一些Linux的资料,说只要安装VMWARE插件就可以让Linux在Window下运行,而不要建立特殊的磁盘分区。我刚刚开始学习Linux,具体意思不是很理解,龙哥能给我解释一下吗?答:其实VMWARE并不是
上面是所有的代码解释部分,下面正文是作者自己机翻学习lammps帮助文档部分,如果有错误请指出。 三、正文 read_data这是指定模拟盒的三种方法之一:参见create_box和read_restart和命令的替代方法。它也是指定初始原子坐标的三种方法之一:参见create_atoms和read_restart和命令了解其他方法。
Restrictions To read gzipped dump files, you must compile LIGGGHTS(R)-PUBLIC with the -DLAMMPS_GZIP option - see theMaking LIGGGHTS(R)-PUBLICsection of the documentation. Related commands dump,read_data,read_restart,rerun Default
conda install deepmd-kit=*=*cpu lammps-dp=*=*cpu -c deepmodeling To install the GPU version containing CUDA 10.1: conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu -c deepmodeling With Docker A docker for installing the DeePMD-kit is available here. To pull the CPU version: docker pul...
calcb=Vasp(restart=True) totalsol=calcb.get_atoms() stress=calcb.read_stress()else:try: totcop=totalsol.copy()ifdebug: write_xyz(Optimizer.debugfile,totcop,'Individual sent to lammps') OUT=totalsol.calc.calculate(totalsol) totalsol=OUT['atoms'] ...
LAMMPS data file from restart file: timestep = 10000, procs = 1 4140 atoms 1 atom types 1....