simportStereoEnumerationOptions aspirin ='CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'mol = Chem.AddHs(Chem.MolFromSmiles(aspirin)) conformers = AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=8) conformer_i = mol.GetConformer(0)# This is the conformer that I wanted to save in a SDF file.print(conformer_...
SMILES字符串可以被大多数分子编辑软件导入并转换成二维图形或分子的三维模型。转换成二维图形可以使用Helson的“结构图生成算法”(Structure Diagram Generation algorithms)。 基于RDKit的Python脚本:sdf格式转smiles格式 代码语言:javascript 复制 #!usr/bin/python3# python sdftosmiles.py molecules.sdfimportsys from ...
Chem.MolToMolFile(mol,'the sdf file path you want to save') 经过三维化的分子结构 从上图中我们可以看到利用EmbedMolecule和MMFFOptimizeMolecule这两个模块,我们向原本平面化的分子拓扑结构中引入了立体的信息。 二、将SDF文件转化为SMILES SDF文件中有比SMILES更丰富的结构信息,如果将SDF文件转化为SMILES必然会...
用DGL构建图对象很容易。只需调用mol_to_complete_graph函数。当然,也可以对SMILE字符串使用smiles_to_complete_graph函数。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 trainmols=[mforminChem.SDMolSupplier('solubility.train.sdf')]testmols=[mforminChem.SDMolSupplier('solubility.test.sdf')]prop_di...
在这个例子中,除了打印SMILES字符串外,还计算了每个分子的分子量并打印出来。 总结来说,使用RDKit读取SDF文件是一个直接且高效的过程,主要通过Chem.SDMolSupplier类来实现。你可以轻松地遍历文件中的所有分子,并对它们进行各种处理和分析。
基于RDKit的Python脚本:sdf格式转smiles格式 #!usr/bin/python3# python sdftosmiles.py molecules.sdfimportsysfromrdkitimportChemdefconverter(file_name):mols=[molformolinChem.SDMolSupplier(file_name)]outname=file_name.split(".sdf")[0]+".smi"out_file=open(outname,"w")formolinmols:smi=Chem.Mol...
读取SDF中的属性并输出为CSV项目 不必使每个化合物的属性具有相同的属性(输出不为空的属性)。 import pandas as pdfrom rdkit import Chemimport argparsefrom collections import defaultdict def main()... 将化合物格式SDF文件转换为CSV文件。 读取SDF中的属性并输出为CSV项目 ...
> rdkit.Chem.PandasTools.LoadSDF. > > Unfortunately, there was no function argument documentation, so I'm unsure > whether this function yields canonical SMILES data. However, the RDKit > website includes the following example which suggests "something" ...
2. 将SMILES转化为SDF文件 我们可以认为SMILES是分子图的一种字符串表达,RDKit提供了利用ETKGD[1]方法将存储在SMILES中的二维结构信息转化为三维结构的接口。具体的,我们利用EmbedMolecule模块将二维分子图转化为三维分子坐标,如果有必要我们可以再利用MMFFOptimizeMolecule模块对分子结构进行简单优化,最后利用MolToMolFile...
基于RDKit的Python脚本:sdf格式转smiles格式 #!usr/bin/python3 # python sdftosmiles.py molecules.sdf import sys from rdkit import Chem def converter(file_name): mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier( file_name ) ] outname = file_name.split(".sdf")[0] + ".smi" out_file = ...