def make_structural_image(self, batch_size=10): while True: for i in range(len(self.X_input)): # SConvert SMILES to mol mol = Chem.MolFromSmiles(self.X_input[i], sanitize=True) if not mol is None: # mol file is None # Calculate 2D coordinates rdDepictor.Compute2DCoords(mol) ...
rdkit 提供了丰富的功能来表示和操作分子结构。 从SMILES 字符串创建分子 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)是一种用字符串表示分子结构的简化表示方法。RDKit 可以从 SMILES 字符串创建分子对象。 from rdkit import Chem # Create a molecule from a SMILES string mol = Chem.MolFromSmiles(...
可以使用 useBWAtomPalette(),代码如下: from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D import io from PIL import Image # Convert a SMILES string to a mole…
defmake_structural_image(self,batch_size=10):whileTrue:foriinrange(len(self.X_input)):# SConvertSMILESto mol mol=Chem.MolFromSmiles(self.X_input[i],sanitize=True)ifnot mol is None:# mol file is None # Calculate 2D coordinates rdDepictor.Compute2DCoords(mol)# CalcMolWtMW=Chem.rdMolDe...
读取DataFrame中的SMILES:AddMoleculeColumnToFrame(frame, smilesCol, molCol, includeFingerprints) frame:DataFrame对象 smilesCol:SMILES所在列 molCol:新列名,将存放产生的rdkit mol对象 includeFingerprints:是否生成指纹 顺便计算下分子量:Descriptors.MolWt()...
rdkit可以实现将smiles格式分子转换为图片输出,在python文件中输入以下代码 fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.ChemimportDraw# from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole #Needed to show moleculesfromrdkit.Chem.Draw.MolDrawingimportMolDrawing,DrawingOptions# Only needed if modifying defaul...
from rdkit.Chem import AllChem, Draw from rdkit import Chem Draw.MolToImage(Chem.MolFromSmiles('...
>>>print(len(products[0]))1>>>Chem.Draw.MolToImage(products[0][0]) 2 用含两个羧基的化合物与甲胺反应,对应着两种匹配的方式,会产生两个反应结果。 >>>double=Chem.MolFromSmiles('C(COC(=O)O)C(=O)O')>>>reacts=(double,Chem.MolFromSmiles('NC'))>>>ps=rxn.RunReactants(reacts)>>...
将smiles转换为RDKit 的Mol对象 PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(frame=df,smilesCol='smiles') df.head() df['calc_SA_score']=df.ROMol.map(sascorer.calculateScore) x=df.sa_score y=df.calc_SA_score withmpl.style.context('seaborn'): ...
Draw.ReactionToImage(rxn) #画出反应式 pr = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O'),Chem.MolFromSmiles('NC'))) #两个反应物按照定义好的rxn进行反应 type(pr) #pr按照元组格式进行存储 len(pr) #查看产物个数,只有一个产物生成 ...