2.1 读写分子模块:rdkit.Chem模块 RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 Smiles、mol 是通常用于保存单个分子;而sdf格式当初是作为分子库形式设计的。 因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles 和mol 文件是分子对象。——转自中文教程/基础教程,英文 2.1.1. 分子读入方法: 读取*.smi文件...
Jupyter Notebook文件: base
from rdkit import Chem smi = 'O=C(OC)C1=CC=CC=C1' mol = Chem.MolFromSmiles(smi) for atom in mol.GetAtoms(): atom.SetProp('atomLabel',str(atom.GetIdx())) mol 输出: 我们希望提取苯环的片段,原子ID是4-9. 代码如下: from rdkit.Chem import AllChem fragsmi= AllChem.MolFragmentToSmi...
python >import rdkit >rdkit.__version__ 如果能看到rdkit的版本则说明安装成功, 如下图所示。linux下安装rdkit step1 去`anaconda 官网 <https://www.anaconda.com/distribution/#download-section>`__ 下载linux版本的Anaconda3*.sh文件; step2 在终端中运行 sh Anaconda*.sh step3 用conda命令安装rdkit...
RDkit数据库cartridge本文档主要翻译于 The RDKit 数据库 cartridge 并进行了适当调整。cartridge简介 cartridge 数据库是基于PostgreSQL 的数据库,增加了对分子结构查询的支持。可以把cartridge看成是PostgreSQL的插件。 注解 建议先学习PostgreSQL基础知识。安装cartridge数据库服务 为了数据库的安全,建议为cartridge创建一个...
RDkit 中默认元素的颜色: import rdkit.Chem.Draw as Draw opts2 = Draw.DrawingOptions() print(opts2.elemDict) 输出: {1: (0.55, 0.55, 0.55), # H 7: (0, 0, 1), # N 8: (1, 0, 0), # O 9: (0.2, 0.8, 0.8), # F 15: (1, 0.5, 0), # P 16: (0.8, 0.8, 0), ...
下一个示例的编号是RDKit_25, 但相应的示例可以放置在该文档的任意位置,重要的示例放在前面原则进行排版。 在jupyter环境中绘制分子示例:分子图片显示原子索引编号 |作者: Takayuki Serizawa |来源: https://iwatobipen.wordpress.com/2017/02/25/draw-molecule-with-atom-index-in-rdkit/ |描述: 绘制带有atom ...
RDKit中文教程¶ RDKit 是开源的化学信息python软件包,功能非常强大。笔者在工作中经常需要用到该工具,为了帮助大家更好的使用RDKit, 笔者创建了该教程。 第一部分 RDKit 介绍¶ RDKit简介 介绍RDkit的功能,开发人员,研发历史等。 第二部分 安装指南¶ ...
Twitter: @RDKit_org LinkedIn:https://www.linkedin.com/groups/8192558 Slack:https://rdkit.slack.com(需要加入的话,联系Greg) 教程: “Getting Started width the RDKit in Python”, Greg Landrum’s RDkit blog, and a particularly nice example from the ChEMBL-og. ...