2.1 读写分子模块:rdkit.Chem模块 RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 Smiles、mol 是通常用于保存单个分子;而sdf格式当初是作为分子库形式设计的。 因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles 和mol 文件是分子对象。——转自中文教程/基础教程,英文 2.1.1. 分子读入方法: 读取*.smi文件...
Jupyter Notebook文件: base
from rdkit import Chem smi = 'O=C(OC)C1=CC=CC=C1' mol = Chem.MolFromSmiles(smi) for atom in mol.GetAtoms(): atom.SetProp('atomLabel',str(atom.GetIdx())) mol 输出: 我们希望提取苯环的片段,原子ID是4-9. 代码如下: from rdkit.Chem import AllChem fragsmi= AllChem.MolFragmentToSmi...
python >import rdkit >rdkit.__version__ 如果能看到rdkit的版本则说明安装成功, 如下图所示。linux下安装rdkit step1 去`anaconda 官网 <https://www.anaconda.com/distribution/#download-section>`__ 下载linux版本的Anaconda3*.sh文件; step2 在终端中运行 sh Anaconda*.sh step3 用conda命令安装rdkit...
书籍 RDkit中文教程.pdf RDKit2020.09中文教程封面 限时优惠:30元。 扫描上面的微信二维码,添加好友付款即可。 注解 RDKit中文教程发布群 QQ: 928711013 每年3月份和9月份发布新版本。购买者可进群,下载最新版本的RDKit中文教程。服务 解决RDKit使用过程中遇到的各种bug和疑难杂症。
本文档主要翻译于The RDKit 数据库 cartridge并进行了适当调整。 cartridge简介¶ cartridge 数据库是基于PostgreSQL 的数据库,增加了对分子结构查询的支持。 可以把cartridge看成是PostgreSQL的插件。 注解 建议先学习PostgreSQL基础知识。 安装cartridge数据库服务¶ ...
RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 |Smiles、mol 是通常用于保存单个分子;而sdf格式当初是作为分子库形式设计的。因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles 和mol 文件是分子对象。 示例1: 读入smiles smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F...
RDkit 中默认元素的颜色: import rdkit.Chem.Draw as Draw opts2 = Draw.DrawingOptions() print(opts2.elemDict) 输出: {1: (0.55, 0.55, 0.55), # H 7: (0, 0, 1), # N 8: (1, 0, 0), # O 9: (0.2, 0.8, 0.8), # F 15: (1, 0.5, 0), # P 16: (0.8, 0.8, 0), ...
下一个示例的编号是RDKit_25, 但相应的示例可以放置在该文档的任意位置,重要的示例放在前面原则进行排版。 在jupyter环境中绘制分子示例:分子图片显示原子索引编号 |作者: Takayuki Serizawa |来源: https://iwatobipen.wordpress.com/2017/02/25/draw-molecule-with-atom-index-in-rdkit/ |描述: 绘制带有atom ...
RDKit中文教程¶ RDKit 是开源的化学信息python软件包,功能非常强大。笔者在工作中经常需要用到该工具,为了帮助大家更好的使用RDKit, 笔者创建了该教程。 第一部分 RDKit 介绍¶ RDKit简介 介绍RDkit的功能,开发人员,研发历史等。 第二部分 安装指南¶ ...