一个分子长这样 smi = 'CC(C)(C)C1=CC=C(C=C1)C(=O)CC(=O)C2=CC=C(C=C2)OC' mol_t = Chem.MolFromSmiles(smi) mol_t 根据Murcko和Bemiss的定义,两个环构造和中间的链状构造组成分子骨架。我们可以找出分子骨架,利用 mol_s = MurckoScaffold.GetScaffoldForMol(mol_t) mol_s 可以得到 这里分...
rdkit 也支持其他的读入方式,比如 Chem.MolFromMolFile() 方法就是从 .mol 文件读入分子。 我们要在芳香 C 中找到可以添加基团的位置。那么,如图所示,在这个芳香环上, N 原子和已经和 3 C 原子是不能再连新基团的,所以要把这两个位置去掉。这一步的流程为: 找到分子中芳香环上 C 的位置 首先找到分子中...
在弹出的新窗口中启动postgresql服务 C:\Users\Administrator> postgres -D d:\postgresql\data 服务启动成功,可以在cmd或python中操作数据库了 1二、操作使用1.cmd操作再打开一个cmd终端,创建一个新数据库命名为mols(需要添加conda的环境变量)C:\Users\Administrator> createdb mols 为数据库加载rdkit扩展模块 C...
从1个碳原子开始构建指定碳原子数目（cnum）的分子。新分子通过SMILES字符串列表保存，并在字典中对应碳原子数目。例如，若欲包涵1至7个原子的所有链烷烃，可调用get_line_alkanes函数。将得到如下庚烷异构体结果：通过以下代码批量保存SMILES对应的分子图像，省略了立体异构体的“~”字符。通过下表验证所有...
以下是笔者的配置方法:在 .vscode 下创建 c_cpp_properties.json 文件,在里面添加: { "configurations": [ { "name": "Mac", "includePath": [ "${workspaceFolder}/Code", "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include", "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include/python...
文章目录 一、分子指纹计算 二、相似性搜索 三、自定义搜索函数 一、分子指纹计算 本文介绍在windows环境下,使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。环境搭建、数据表准备不再赘述,可… 阅读全文 赞同 7 添加评论 分享 收藏 ...
RDKit是化学信息学和机器学习软件的集合,正在协助解决化学信息的难题。RDKit的创始人和创建者Greg Landrum在Elsevier的推动下接受了UDM(统一数据模型)团队的采访,分享了他的经验,即成功之路是怎样的,一个开源项目要想成功需要具备哪些要素。采访中所学到的知识将有助于塑造统一数据模型项目的未来,该项… ...
【摘要】 通过BRICS算法产生片段库 通过结合三个片段(A,B,C)生成ABC型分子。 环境 Win10 RDKit2020.09.1 Python=3.7.9 基于多片段的分子生成 导入库 import numpy as npimport itertools from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem im...
OCR/OCSR on handwritting ⏣/chemical-structural-formulas with YOLO & CRNN models. - COCR/cmake/build-rdkit.cmake at 1c48ba1b8b2e25cc8a924fb7ac47910e812522dc · xuguodong1999/COCR
The following code... mol = Chem.MolFromSmiles('c1c[C+]1') smi = Chem.MolToSmiles(mol) print 'smi=', smi Chem.MolFromSmiles(smi) ... produces the following output (in Jupyter): smi= [c+]1cc1 RDKit ERROR: [11:35:51] Can't kekulize mol RDK...