RDA分析(Redundancy analysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析。冗余分析(redundancy analysis, RDA)或者典范对应分析(canonical correspondence analysis, CCA)是基于对应分析(correspondence analysis, CA)发展而来的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境...
RDA/CCA分析又称多元直接梯度分析,主要用来检测环境因子(如气体成分)、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。 RDA/CCA分析将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,其中RDA是基于线性模型进行分析,CCA是基于单峰模型进行分析。 RDA或CCA模型的选择原则: 先用species-sample数据(97%相似性...
RDA是基于线性模型,CCA 是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。 文件要求 01 物种相对丰度文件 第一列为物种名称,其余每列均为样本名称,对应的数值为物种在该样本中的相对丰度。 图1 | 物种相对丰度文件格式示例图 02 环境因子信息文件 第一列为环境因子名称,其余每...
RDA是基于线性模型,CCA 是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。 RDA或CCA模型的选择原则:先用species-sample 数据(97%相似性的样品OTU 表)做DCA 分析,看分析结果中Lengths of gradient 的第一轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0 之间,选RDA 和CCA均可,...
无论是RDA分析还是CCA分析，都需要两个数据框（data.frame）[已经对行名和列名进行了定义，行名为样方，列名为物种变量或者环境变量]，分别是环境因子数据和物种数据。我们面临的第一问题是如何选择这两种排序分析，曾经有人建议使用vegan包里面的decorana函数来判断是选择RDA还是CCA。具体的，通过运行该函数，如果前4...
RDA/CCA分析 RDA/CCA(Redundancy Analysis/Canonical Correspondence Analysis)是使用最早和使用频率最高的环境因子关联分析方法,在微生物群落研究中常用于探究哪些环境因子会对微生物群落产生影响,以及哪些环境因子是主要的影响因素。本文将从以下三个方面介绍RDA/CCA分析的相关内容:注意事项、分析要求以及图形含义。
RDA，即约束化主成分分析的进化版，它将环境因子纳入多元回归，为我们提供了一种名为多元直接梯度分析的强大工具 (RDA = 主成分分析 + 环境因子回归)。而CCA，堪称两组变量间关系的揭秘者，基于单峰模型，尽管存在“弓形效应”，但DCCA的出现恰好为我们提供了解决方案。第二部分：RDA与CCA的选择策略 通...
6.R语言:冗余分析RDA(结合回归和主成分分多元的排序方法)+置换检验+共线性程度检验(方差膨胀因子VIF)+变量分解图 53.1万 1836 24:45 App 用最直观的方式告诉你:什么是主成分分析PCA 757 1 11:45 App 快速实现微生物与环境因子之间的关系(RDA、dbRDA、CCA、相关性热图) 5012 0 06:47 App SPSS相关性分析...
选择RDA还是CCA时，通常根据“Lengths of gradient”在DCA分析中的表现。若大于4.0，CCA是首选；在3.0到4.0之间，两者皆可；小于3.0时，RDA可能更为合适。无需在R语言中操作，图图云平台提供了一种简便的解决方案，用户可以直接登录该平台，无需注册，通过上传数据（如物种丰度表和环境因子数据）并...
PCA、PCoA和NMDS分析属于非约束性排序分析,而RDA/CCA和db-RDA分析属于约束性排序分析,即分别是在环境因子的约束条件下进行的PCA和PCoA分析。因此,一般主要利用PCA、PCoA或NMDS分析进行样本比较,反映样本间菌群结构的相似性和差异性,从而分析组间样本能否明显区分开;而RDA/CCA和db-RDA分析则多用来阐述环境因子对样本菌...