RADseq,2b-RADseq,ddRAD,ezRAD,GB等技术⽅法。由于采⽤pooling建库的⽅式,与Paired-end和Mate-pair⽂库相 ⽐,RADseq技术⼀次可以构建多⾄96个测序⽂库,实验操作相当便利。 不同的RADseq技术所获得的loci的数量差异较⼤,总体来说:相⽐于GB技术,OriginalRADseq和2b-RADseq可以获得更 ...
基于酶切的简化基因组测序(Restriction-site Associated DNA Sequence, RAD-Seq)是对与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA进行高通量测序,可大幅降低基因组的复杂度,降低建库和测序成本,操作简便,同时不受参考基因组的限制,可快速鉴定出高密度的SNP位点,实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。RAD-Seq尤其适合于大样...
RAD-seq简介及其应用 RAD-seq简介及其应⽤ 1. RADseq简介：RADseq (Restriction-site associated DNA sequencing)是在第⼆代测序基础上发展⽽来的⼀项基于全基因组酶切位点的简化的基因组测序技术，是简化基因组测序技术的总称。RADseq不仅实验操作简单，性价⽐⾼，更为重要的是它并不依赖参考基因组的信息...
RADseq(Restriction-site associated DNA sequencing,限制性酶切位点相关的DNA测序)是通过对基因组进行酶切,并针对带有酶切位点的DNA相关片段进行测序,这项技术能够低成本的开发大量SNP标记,不受有无参考基因组和染色体倍型的限制。 2.它的应用在哪方面? RADseq技术在动植物的群体进化研究,遗传图谱构建和QTL定位,以...
Posts about RADseq written by Kathleen Grogan, Jeremy Yoder, Reid Brennan, Ethan Linck, Elin Videvall, Arun Sethuraman, and Rob Denton
RAD - SEQ,全名叫Restriction - site Associated DNA Sequencing,限制位点相关DNA测序。这名字听起来有点复杂,说白了呢,就是一种用来研究生物基因的技术。这个技术的理论基础啊,是建立在DNA的限制性内切酶上的。限制性内切酶就像是一把非常精准的小剪刀,它能够识别DNA序列上特定的位点,然后在这个位点把DNA剪断。这个...
构树软件如FastTree/MEGA/cluster X/phylip,美化可以用FigTree/ggtree/treeview/GraPhIAn。 NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法,它不检验所有可能的拓扑结构,能同时给出拓扑结构和分支长度。 GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。
为解决红松 SSR 标记匮乏及生产群体优化问题,相关研究人员开展基于 RAD-Seq 技术开发 SSR 标记及构建生产群体的研究。结果开发出标记,构建了合理生产群体。该研究为红松遗传改良等提供支撑,值得一读。 在我国东北的山林中,红松(Pinus koraiensis)可是个 “明星树种”。它不仅身姿挺拔,是长白山及周边山脉的重要组成部分...
RAD-Seq(Restriction-site Associated DNA Sequence),对全基因组中处于限制性内切酶酶切位点附近的片段进行测序。RAD-Seq是开发单核苷酸多态性(SNPs)的高效方法,可用于遗传连锁图谱的构建、QTL定位、群体遗传分析等。 相比全基因组测序,RAD-Seq具有如下优势: ...
GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。 Ref:Admixture:一款快速分析群体遗传结构的软件群体结构分析三种常用方法(下篇)群体结构分析三种常用方法 (上篇) ...