因为monocle3目前仍为beta版,不能直接BiocManager::install("")命令安装。安装时遇到失败情况。 monocle3官方安装指引:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/installation/ 正常流程如下: 1.1 先安装依赖包(R语言): BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats', 'lim...
─ building ‘monocle3_1.3.7.tar.gz’ ERROR: dependencies ‘batchelor’, ‘sf’, ‘spdep’ are not available for package ‘monocle3’ * removing ‘/usr/local/lib64/R/library/monocle3’ Warning messages: 1: In i.p(...) : 安装程序包‘sf’时退出狀態的值不是0 2: In i.p(...) :...
命令如下:./configuremakemakeinstall 我先前已经安装了这个库,所以理论上,应该就解决了,但是接下来又遇到一个问题,就是题目说的:monocle3 在linux 终端R可用,但在Rstudio server无法使用 重点,这里提供一个解决办法,就如何在Rstudio 特定调用 Linux环境变量下的特定动态库 dyn.load()函数 dyn.load('/home/zhouwg...
为了研究哪些基因在不同的簇中表达不同,我们可以使用之前介绍的回归分析工具。 当然在这里,Monocle提供了另一种方法来寻找UMAP中不同细胞群之间的差异基因。 函数graph _ test ()使用了一个来自空间自相关分析的统计数据,称为Moran’s I。 pr_graph_test_res <- graph_test(neurons_cds, neighbor_graph="knn"...
monocle3的分群聚类与降维 #编程 #R语言 #生物信息学 #单细胞测序 #高通量测序 - Biomamba生信基地于20231120发布在抖音,已经收获了258个喜欢,来抖音,记录美好生活!
R安装monocle3 sf 装了好几天,由于这个用户基数可能也不是很大,所以各种issue下的解决方案也不是那么清楚。 以我自己为例,dependency:proj=6.3.1 geos=3.6.5 gdal=3.4.1 确定这些包都安装好后,之后我遇到的所有错误都是PATH导致的,因此附上我的bashrc的具体PATH:...
🤩 Monocle 3 | 太牛了!单细胞必学R包!~(一)(预处理与降维聚类) wx🔍: 生信漫卷获取完整教程🚗 - 生信漫卷于20231020发布在抖音,已经收获了3个喜欢,来抖音,记录美好生活!
Monocle的工作原理是对每个基因拟合一个回归模型。🧐 比如,在示例数据中,细胞是在不同的时间点收集的,我们可以通过首先对每个基因拟合一个广义的线性模型来检验上述任何一个基因的表达是否随时间变化。🤩 代码语言:javascript 复制 ciliated_genes<-c("che-1","hlh-17","nhr-6","dmd-6","ceh-36","ham-...
单细胞必学R包!~(一)(预处理与降维聚类) 1写在前面 忙碌的一周结束了,终于迎来周末了。🫠 这周的手术真的是做到崩溃,2天的手术都过点了。🫠 真的希望有时间静下来思考一下。🫠 最近的教程可能会陆续写一下Monocle 3,炙手可热啊,欢迎大家分享经验。🥰...
# Generated by using Rcpp::compileAttributes() -> do not edit by hand # Generator token: 10BE3573-1514-4C36-9D1C-5A225CD40393 jaccard_coeff <- function(R_idx, R_weight) { .Call(`_monocle3_jaccard_coeff`, R_idx, R_weight) } pnorm_over_mat <- function(R_num_links_ij, R_var...