sudo apt install libgdal-dev 这种情况,感觉一般情况可以先终端尝试直接安装gdal,失败再试试安装gdal-dev,再失败前面再加个lib,安装libgdal-dev。如果前面首字母是l,比如lxxx,还可以试试把l改成lib,即试试安装libxxx-dev 系统终端安装完环境依赖包后再次按正常流程运行安装monocle3成功。
─ building ‘monocle3_1.3.7.tar.gz’ ERROR: dependencies ‘batchelor’, ‘sf’, ‘spdep’ are not available for package ‘monocle3’ * removing ‘/usr/local/lib64/R/library/monocle3’ Warning messages: 1: In i.p(...) : 安装程序包‘sf’时退出狀態的值不是0 2: In i.p(...) :...
最后本地安装devtools::install_local("/public/workspace/fanhaihua/monocle3-master.zip", dependencies = TRUE) library(monocle3)
Hello, I'm using Rstudio through conda environments. Therefore, the recommended way of installing R packages is through conda channels. I've installed monocle3 using the bioconda channel in a newly created environment. However, when open...
Rstudio中无法安装github上的包 有机物就是我 ☺ 有机物就是我: 步骤如下: 1.KX上网 2.设置mirror路径Global (CDN) - RStudio 3.install.package("devtools") 3.install.package("usethis") 4.library(devtools) 4.library(usethi…阅读全文 赞同7 6 条评论 分享收藏what...
R安装monocle3 sf 装了好几天,由于这个用户基数可能也不是很大,所以各种issue下的解决方案也不是那么清楚。 以我自己为例,dependency:proj=6.3.1 geos=3.6.5 gdal=3.4.1 确定这些包都安装好后,之后我遇到的所有错误都是PATH导致的,因此附上我的bashrc的具体PATH:...
R tips:monocle安装调试 如果使用monocle(非monocle3)进行轨迹分析的话,由于这个包比较古老了,年久失修,所以monocle的函数则大概会报一个错误“Error: the condition has length > 1”。 本文会叙述一下修复此bug的过程。 bug解析 这个错误其实很简单的,就是if语句中条件逻辑值长度大于1。
install.packages("BiocManager") BiocManager::install("monocle") 遂安装毕。接着想到做单细胞分析需要产生大量的图(中间过程),最好使用notebook的方式来做,接着给Jupyter notebook安装R kernel,但是搜出来的都是在R语言里面安装的,用devtool安装irkernel,在安装时又需要Rtools,(***),遂放弃,解决方法就是依旧使...
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3', dependencies = TRUE) Downloading GitHub repo cole-trapnell-lab/monocle3@HEAD These packages have more recent versions available. It is recommended to update all of them. Which would ...
🤩 Monocle 3 | 太牛了!单细胞必学R包!~(一)(预处理与降维聚类) wx🔍: 生信漫卷获取完整教程🚗 - 生信漫卷于20231020发布在抖音,已经收获了3个喜欢,来抖音,记录美好生活!